Tėvai: Stanislovas Simonaitis ir Ona Streleckytė-Simonaitienė – valstiečiai žemdirbiai.

1860 m. sausio 12 d. Smilgių bažnyčioje jį pakrikštijo šios bažnyčios vikaras Jonas Jutkevičius, krikštatėviai buvo kilmingieji Juozapas Felickis ir Marijona Tžecinskienė, Vincento Tžecinskio žmona.

Baigė kunigų seminariją, apie 1882 m. buvo įšventintas kunigu.

Iki 1892 m. J. Simonaitis buvo Kulių (Šiaulių r.) parapijos vikaras. 1892 m. rugsėjo viduryje pasikeitęs vietomis su Kazimieru Sendrausku, 1892–1896 m. jis tarnavo vikaru Vadoklių (Panevėžio r.) parapijoje.

Perkeltas 1896 m. vasarą, 1896–1900 m. jis buvo Salako (Zarasų r.) parapijos vikaras. 1900–1904 m. J. Simonaitis tarnavo Salako (Zarasų r.) Švč. Mergelės Marijos Sopulingosios parapijos klebonu.

1904–1910 m., iki 1910 m. vasario, J. Simonaitis buvo Skiemonių (Anykščių r.) Švč. Mergelės Marijos Aplankymo bažnyčios kuratas, Alantos parapijos kunigas filialistas.

Mirė 1910 m. gruodį.