Tėvai: Vladas Sargautas (1871–1947) ir Emilija Žukaitė-Sargautienė (1890–1993) – žemdirbiai pasiturintys ūkininkai. Brolis ir seserys: Veronika Sargautaitė (1919–1947), Aldona Sargautaitė-Šileikienė (1922–?), Vytautas Sargautas (? – apie 1934) ir Birutė Sargautaitė.

Mokėsi Panevėžio gimnazijoje, baigė Ukmergės mokytojų seminariją.

Apie 1941–1942 m. R. Sargautas dirbo Akmenos (Anykščių r.) pradinėje mokykloje mokytoju.

1942–1944 m. jis studijavo Lietuvos žemės ūkio akademijoje Dotnuvoje (Kėdainių r.).

Antrosios sovieetinės okupacijos pradžioje 1944 m. rugpjūtį R. Sargautas įstojo į Lietuvos laisvės armijos Vanagų sektoriaus ginkluotą pasipriešinimo būrį Žemaitijoje ir stovykloje prie Platelių ežero (Plungės r.), vadovaujant generoluui Motiejui Pečiulioniui, davė laisvės gynėjo priesaiką.

1944 m. rugsėjo 17 d. jis buvo pasiųstas į Štutgarto (Vokietija) žvalgybos mokyklą ir ten praėjo trijų mėnesių apmokymus. 1944 m. lapkričio 18 d. su grupe desantininkų (Antanu Birbilu ir kitais), vadovaujamų leitenanto Antano Šilo-Kovo, jis grįžo į Lietuvą. Kaip Karklo būrio narys nuleistas į Žaliąją girią Pumpėnų apylinkėse (Panevėžio r.), jis buvo paskirtas Žaliosios rinktinės štabo agitacijos ir propagandos vadovu.

1944–1946 m. R. Sargautas aktyviai dalyvavo ginkluotuose laisvės gynėjų išpuoliuose, buvo Vyčio apygardos partizanas slapyvardžiais Daumantas ir Pakaruoklis. Jis steigė partizanų būrius, baudė sovietinius aktyvistus Panevėžio, Subačiaus (Kupiškio r.) ir Karsakiškio (Panevėžio r.) apylinkėse.

1946 m. vasarą susirgęs odos liga, vadovybei pritarus, 1946 m. rugpjūčio 13 d. jis pasitraukė gydytis, gyveno Vilniuje, vėliau Valkininkuose (Varėnos r.) pas kunigą Stanislovą Kakarieką ir Varėnoje pas kleboną Joną Morkūną.

1946 m. rudenį R. Sargautas įstojo į Kauno kunigų seminariją ir pradėjo studijas, bet 1946 m. lapkričio 25 d. buvo išduotas ir suimtas, įkalintas Vilniuje, tardytas lapkričio 27, gruodžio 6 ir 11 dienomis, jo tardymo metu duoti parodymai buvo paskelbti sovietinėje spaudoje.

1947 m. rugpjūčio 26 d. Karo tribunolas nuteisė R. Sargautą 25 metams lagerio ir 5 metams tremties. 1947 m. lapkritį jis buvo išvežtas į Pečiorlagą (Džintujus, Kožvos r., Komija, Rusija), 1948 m. lapkritį perkeltas į Minlagą (Inta, Komija, Rusija). Lageriuose jis dirbo anglies kasyklose, vėliau buvo projektavimo kontoros braižytojas.

1956 m. gegužės 24 d. SSRS baudžiamųjų bylų peržiūrėjimo komisija sumažino jam skirtą bausmę perpus. 1957 m. vasario 10 d. R. Sargautas buvo paleistas į laisvę, bet liko gyventi Intoje ir toliau dirbo projektavimo kontoroje.

Baigęs "Pečiorprojekto" topografų kursus, vėliau iki 1972 m. jis dirbo kombinato "Intaugol" statybos treste geodezininku.

1972 m. gegužę R. Sargautas grįžo į Lietuvą, bet negalėjęs registruotis, persikėlė į Baltarusiją ir įsikūrė Breslaujoje. 1972–1973 m. jis dirbo Ignalinos drenažo vamzdelių gamyklos statybose, 1973–1975 m. – Rokiškyje.

Nuo 1975 m. iki gyvenimo pabaigos R. Sargautas gyveno Kaune.

Lietuvos atgimimo metais R. Sargautas aktyviai dalyvavo Lietuvos Sąjūdžio veikloje, vėliau iki gyvenimo pabaigos buvo Lietuvos politinių kalinių ir tremtinių sąjungos narys.

Jis buvo pripažintas kariu savanoriu (1999 m.), jam buvo suteiktas dimisijos pulkininko leitenanto karinis laipsnis (1999 m.). Jis buvo apdovanotas Kariuomenės kūrėjų savanorių medaliu (2001 m.).

Vedė 1957 m., žmona Veronika Urbaitė-Sargautienė (1920–2011) iš Milašaičių (Raseinių r.) – politinė kalinė. Dukterys: Jūratė Sargautaitė-Krušienė (g. 1957 m.) ir Eglė Sargautaitė-Markevičienė (g. 1959 m.).

Mirė 2003 m. kovo 22 d. Kaune. Palaidotas Kauno Petrašiūnų kapinėse (11 kvartalas, 21 eilė, 7 kapas). Kapą ženklina rausvo šlifuoto akmens paminklinė kompozicija su akmeniniu kryžiumi ir įrašu steloje metalinėmis raidėmis: "Sargautai / Rafaelis / 1919–2003 / Veronika / 1920–2011".

Įstricos kaime (Panevėžio r.) pastatytas stogastulpis "Karklo" desantininkų būrio nusileidimui ir veiklos pradžiai atminti (autorius – tautodailininkas Bronislovas Mažylis, 2014 m.) su įrašu: "Karklo desantininkų 12 žmonių būrio, vadovaujamo Antano Šilo-Kovo, nusileidimo Ūtos-Įstricos kaimo laukuose 1944 11 18 atminimui. 2014.".

R. Sargauto biografija pateikta enciklopedinio žinyno "Lietuvos kariuomenės karininkai : 1918–1953" 7-ajame tome (2007 m.).