Tėvai: Lionginas Mikšys (1909–1980) – vargonininkas, muzikos pedagogas ir chorvedys, ir Teklė Stundžytė-Mikšienė (1908–2013). Augo trijų vaikų šeimoje, seserys: Eugenija Mikšytė-Lašienė (1929–2010) – kalbininkė lituanistė, kultūros organizatorė, ir Liucija Gražina Mikšytė-Vyšniauskienė (1937–2015) – vaistininkė.

Tėvams persikėlus, augo Šaukėnuose (Kelmės r.), paskui Šeduvoje (Radviliškio r.), nuo 1952 m. – Anykščiuose. Mokėsi Šiaulių J. Janonio, Šeduvos vidurinėse mokyklose, 1953 m. baigė Anykščių vidurinę mokyklą.

Būdamas moksleivis, pradėjo bendradarbiauti spaudoje, skelbė publikacijas tuometiniuose moksleivių ir jaunimo periodiniuose leidiniuose, Šiaulių miesto laikraštyje "Raudonoji vėliava", Šiaulių srities laikraštyje "Leniniečio kelias", Šeduvos, Radviliškio rajonų laikraščiuose "Spalio vėliava" ir "Raudonoji žvaigždė".

1953–1958 m. Z. Mikšys studijavo Vilniaus universitete lietuvių kalbą ir literatūrą bei žurnalistiką, įgijo humanitarinį išsilavinimą.
 
1958–1962 m. jis dirbo Anykščių rajono laikraščio "Kolektyvinis darbas" redakcijoje literatūriniu bendradarbiu. Persikėlęs į Vilnių, 1962–1965 m. jis buvo respublikinio laikraščio "Tiesa" redakcijos pramonės skyriaus korespondentas.

1965–2002 m. Z. Mikšys dirbo Lietuvos radijuje, buvo Informacijos redakcijos redaktorius, korespondentas, rengė įvairios tematikos interviu, reportažus, korespondencijas.

Nuo 2002 m. jis buvo žurnalo "Mokslas ir technika" bendradarbis.

Senatvėje rašė prisiminimus, publikuodamas juos žiniasklaidoje.

Buvo vedęs, žmona Elvyra Leikaitė-Mikšienė (g. 1932 m.). Vaikai: Audronė Mikšytė (g. 1951 m.) ir Kęstutis Mikšys (g. 1956 m.).

Mirė 2018 m. birželio 17 d. Vilniuje. Palaidotas Anykščių senosiose kapinėse Mikšių giminės kape prie tėvų ir sesers. Kapą ženklina pilkšvai rausvo šlifuoto akmens paminklas-stela su iškaltu įrašu: "Liucija / Mikšytė-Vyšniauskienė / 1937–2015 / Zenonas Jonas Mikšys / 1935–2018".