Tėvai: Steponas Kirdeikis (apie 1873 – ?) ir Anelė Pakštaitė-Kirdeikienė (apie 1877 –?) iš Butėnų – valstiečiai žemdirbiai. Broliai ir seserys: Aleksas Kirdeikis (1903–?), Elena Kirdeikytė (1905–?), Anelė Kirdeikytė (1907–?), Augustinas Kirdeikis (1911–?), Bronislovas Kirdeikis (1913–?), Sofija Kirdeikytė (1915–?) ir Ona Kirdeikytė (1920–?).

1909 m. spalio 18 d. Svėdasų bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Antanas Strazdas, krikštatėviais buvo Jurgis Žvirblis ir Ona Pakštaitė.

Baigė Rokiškio gimnaziją.

1932 m. spalio 12 d. S. Kirdeikis buvo mobilizuotas į tarnybą Lietuvos kariuomenėje, tarnybą pradėjo Lietuvos Didžiojo Kunigaikščio Algirdo 2-ajame pėstininkų pulke.

1933 m. rugsėjo 15 d. jis baigė Karo mokyklą Kaune 8-ojoje jos aspirantų laidoje. Jam buvo suteiktas pėstininkų atsargos jaunesniojo leitenanto karinis laipsnis, jis iškart paleistas į atsargą.

1933–1941 m. S. Kirdeikis gyveno Marijampolėje ir dirbo agronomu.

Buvo vedęs, žmona Anelė Kirdeikienė-Vozbutienė (1918–1977) – 1941–1957 m. tremtinė Altajaus krašte ir Jakutijoje (Rusija).

1941 m. birželio 16 d. S. Kirdeikis buvo suimtas ir be teismo įkalintas Rešotų lageryje (Žemutinio Ingašo r., Krasnojarsko kr., Rusija).

Mirė 1942 m. birželio 3 d. Rešotuose (Žemutinio Ingašo r., Krasnojarsko kr., Rusija) – žuvo lageryje. Buvo palaidotas bendroje kalinių kapavietėje, palaidojimo vieta nežinoma.

1943 m. sausio 30 d., jau po žūties, SSRS NKVD Ypatingasis pasitarimas nuteisė S. Kirdeikį 10 metų nelaisvės.

S. Kirdeikio gyvenimas ir likimas pristatomi enciklopedinio žinyno "Lietuvos kariuomenės karininkai 1918–1953" 4-ajame tome (2004 m.).