Tėvai: Juozapas Butkys ir Ona Reikalytė-Butkienė (1897–1966) iš Šeimyniškių (Utenos r.) – valstiečiai žemdirbiai. Augo keturių vaikų šeimoje su broliu ir dviem seserim.

1920 m. vasario 15 d. Užpalių bažnyčioje jį pakrikštijo klebonas Jonas Jarašiūnas, krikštatėviais buvo Juozapas Indrašius ir Barbora Indrašienė, Jono Indrašiaus žmona.

Nuo 1929 m. mokėsi Remeikių (Utenos r.) pradžios mokykloje, paskui mokslą tęsė Užpalių (Utenos r.) vidurinėje mokykloje, 1940 m. baigė Utenos gimnaziją. Dėl silpnos sveikatos dvejus metus gyveno namuose, talkino tėvams ūkyje. 1942–1947 m. studijavo Kauno kunigų seminarijoje. 1946 m. gruodžio 10 d. buvo įšventintas subdiakonu.

1947 m. birželio 29 d. Panevėžio Kristaus Karaliaus katedroje vyskupas Kazimieras Paltarokas įšventino J. Butkį kunigu. Kartu buvo įšventinti dar trys kunigai: Albertas Talačka, Jonas Juodelis ir Bronius Strazdas.

1947 m. jis kelis mėnesius trumpai tarnavo vikaru Salake (Zarasų r.). Paskirtas 1947 m. lapkričio 25 d., 1947–1948 m. jis buvo  Anykščių Šv. Mato parapijos vikaras, talkino klebonui Jurgiui Žitkevičiui ir vikarui adjutoriui Vincentui Arlauskui, paskui kiek laiko tarnavo Andrioniškyje (Anykščių r.), pavaduodamas sergantį šios parapijos administratorių Juozapą Ražanską, bei pakeisdamas sergantį Antalieptės (Zarasų r.) kleboną.

1948–1951 m. J. Butkys buvo Panevėžio Šv. apaštalų Petro ir Povilo parapijos vikaras.

Paskirtas 1951 m. gegužės 15 d., 1951–1953 m. J. Butkys buvo Andrioniškio Šv. apaštalų Petro ir Povilo parapijos administratorius. 1953–1954 m. jis buvo Ragelių (Rokiškio r.) Švč. Mergelės Marijos parapijos administratorius.

Paskirtas 1954 m. spalio 26 d., 1954–1964 m. jis buvo Raguvėlės (Anykščių r.) Šv. kankinio Stepono parapijos administratorius.

1964–1969 m. jis tarnavo Nemunėlio Radviliškio (Biržų r.) Švč. Mergelės Marijos parapijos klebonu.

Atvykęs 1969 m. gegužės 1 d., 1969–2006 m., iki gyvenimo pabaigos, J. Butkys tarnavo Ramygaloje (Panevėžio r.).

1969–1985 m. jis buvo Ramygalos Šv. Jono Krikštytojo parapijos klebonas. Jo iniciatyva buvo tvarkoma bažnyčia, kad būtų jaukesnė ir patogesnė: buvo pagaminta daugiau suolų, bažnyčios prieangiuose įrengtos pertvaros, kurios apsaugo tikinčiuosius nuo šalčio ir vėjo.

Pablogėjus sveikatai, 1985–2006 m. jis liko šioje parapijoje altarista. Kiek leido jėgos, kunigas padėdavo bažnyčioje klausyti išpažinčių, talkino pastoracijoje. 1997 m. birželio 29 d. paminėjęs auksinį kunigystės jubiliejų, jis buvo kunigas jubiliatas.

J. Butkys pasižymėjo meile savo kraštui ir jo žmonėms, buvo tylus, ramus, jautrios sielos žmogus.

Laisvalaikiu jis labai daug skaitė, mėgo skambinti pianinu, rašė eilėraščius, dienoraštį. Jis gerai mokėjo vokiečių kalbą, skaitė vokiškas knygas ir žurnalus, iš vokiečių kalbos versdavo pamokslus.

Mirė 2006 m. gegužės 9 d. Ramygaloje (Panevėžio r.). Palaidotas Ramygalos bažnyčios šventoriuje. Kapą ženklina juodo šlifuoto akmens paminklas-stela su iškaltu kryžiumi ir laiminančio Kristaus figūra, postamente įrašas lietuvių ir vokiečių kalbomis: "Aš esu kelias, tiesa ir gyvenimas" / "Ich bin der Weg und Wahrheit / und das Leben" Jn 14, 6". Kapavietę dengia  šlifuoto akmens plokštė su iškaltu įrašu: "A+A / Kun. Jonas Butkys / Ramygalos klebonas / 1920–2006".