Apie 1955 m. baigė Staškūniškio (Anykščių r.) septynmetę mokyklą.

1961–1963 m. J. Pratkelis atliko privalomąją karinę tarnybą sovietinėje kariuomenėje.

Nuo 1964 m. lapkričio jis dirbo Anykščių kultūros namuose Anykščių liaudies teatro vairuotoju, kartu vaidino mėgėjų teatro pastatymuose.

1965–1975 m. J. Pratkelis šoko Anykščių kultūros namų pramoginių šokių kolektyve (nuo 1978 m. – sportinių šokių kolektyvas "Verpetas"). Kartu su šokių partnere Stanislava Bilevičiene jiedu buvo pripažinti geriausia Lietuvos rajonų šokėjų pora (1967–1968 m.), tapo respublikinio pramoginių šokių konkurso "D" klasės laureatais (1968 m.), daug kartų buvo įvairių konkursų laureatai ir prizininkai. Pasitraukęs iš aktyvios sportinės veiklos, apie 1975 m. J. Pratkelis liko šio sportinių šokių kolektyvo treneriu talkininku.

Įsteigus antrąjį trenerio etatą, 1979–2015 m. J. Pratkelis dirbo Anykščių kultūros rūmų (nuo 2005 m. – Anykščių kultūros centro) sportinių šokių kolektyvo "Verpetas" šokių treneriu, kartu su S. Bilevičiene nuolat treniravo iki 100 anykštėnų vaikų ir jaunuolių, kol 2015 m. išėjo į pensiją.

Nuo 1985 m. jo parengti Anykščių šokėjai dalyvavo tarptautiniuose festivaliuose.

J. Pratkelis buvo Lietuvos SSR kultūros žymūnas, yra nacionalinės kategorijos sportinių šokių treneris, Lietuvos sportinių šokių federacijos narys.

Jis apdovanotas Kūno kultūros ir sporto departamento Aukso medaliu "Už nuopelnus Lietuvos sportui" (2011 m.). Lietuvos Respublikos 100-mečio proga jis apdovanotas Anykščių rajono savivaldybės "Šimtmečio anykštėno" atminimo ženklu (2018 m.).

Laisvalaikiu mėgsta žvejoti.