Tėvai: Kazimieras Matiukas (1897–1941) – Balio Karazijos vyno gamyklos darbininkas, liaudies muzikantas, ir Veronika Didžgalvytė-Matiukienė (1898–1982). Augo keturių vaikų šeimoje, sesuo Stasė Matiukaitė (1920–2019) – darbininkė, aklųjų visuomenininkė, broliai Stasys Matiukas (1924–2007) – tarnautojas ir Antanas Matiukas (1936 – po 1982) – darbininkas, tarnautojas. Sūnėnas (brolio Stasio sūnus) Robertas Matiukas (g. 1960 m.) – tautodailininkas medžio drožėjas ir juvelyras.

Vaikystėje tėvams persikėlus, užaugo Anykščiuose, mokėsi Anykščių Šv. Kryžiaus vienuolyno pradžios mokykloje. 1933 m. ji eilėraščiu pasveikino Anykščiuose viešėjusį Panevėžio vyskupą Kazimierą Paltaroką. Po Antrojo pasaulinio karo iki 1955 m. mokėsi Anykščių Jono Biliūno vidurinėje mokykloje, vėliau baigė Panevėžio suaugusiųjų aklųjų vidurinę mokyklą.

1955–1968 m. J. Matiukaitė-Pipirienė dirbo auklėtoja vaikų darželyje Anykščiuose. Tuo metu ji dainavo chore ir moterų vokaliniame ansamblyje, pradėjo rašyti eiles.

Sirgusi nuo 1946 m., 1968 m. nuo pigmentinio retinito ji visiškai apako. Tuomet J. Pipirienė persikėlė į Panevėžį ir 1968–1992 m. dirbo Lietuvos aklųjų draugijos Panevėžio aklųjų įmonėje darbininke.

Ji buvo Lietuvos aklųjų ir silpnaregių sąjungos narė, žinoma literatė ir kultūrininkė, skaitovė ir pasakorė.

Nuo 1973 m. J. Pipirienė dainavo Lietuvos aklųjų ir silpnaregių sąjungos Panevėžio kultūros klubo "Pavėsis" folkloriniame ansamblyje "Pajauta", rašė scenarijus jo programoms ("Senovės lietuvių krikštynos" ir kt.), dalyvaudavo regėjimo negalią turinčių žmonių šventėse ir susibūrimuose.

J. Pipirienė nuo jaunystės rašė sklandžius, žaismingus eilėraščius vaikams. Jos kūrybą pamėgo pradinių klasių mokinukai, pagal jos žodžius vaikams ir suaugusiems Arvydas Markevičius, Žygintas Anilionis ir kiti sukūrė keliolika dainų, kurios artimos liaudies dainoms. 

J. Pipirienės kūrybos leidiniai:

1996 m. – "Kiškio slidės" (eilėraščiai vaikams), "Eilėraščiai vaikams" (garsinė knyga neregiams).

1997 m. – "Monikos mokyklėlė" (eilėraščiai, išleisti 11 tūkst. egz. tiražu).

1998 m. – "Kiškio slidės" (leidinys Brailio raštu), "Monikos mokyklėlė" (leidinys Brailio raštu).

1999 m. – "Metų laikai" (eilėraščiai ir dainelės), "Eilėraščiai. Dainos. Pasakojimai" (garsinė knyga neregiams). 

J. Pipirienės kūrybą taip pat spausdino žurnalai "Mūsų žodis", "Genys", "Šeima", laikraščiai "Panevėžio tiesa", "Kolektyvinis darbas" (Anykščiai), vaikų laikraštėlis "Eglutė".

Nuo 1980 m. jos kūriniai buvo publikuojami aklųjų literatų almanache "Vaivorykštė" (1, 2, 3 ir 6 tomuose), jie skelbti neregių kūrybos antologijoje "Prisimenu dar karklų kvapą" (1992 m.) ir almanache "Žodžio spalvos" (2002 m.).

2002 m. žurnalas "Liaudies kultūra" išspausdino J. Pipirienės pasakojimus. Tai buvo pirmoji aklųjų autorių kūrybos publikacija šiame leidinyje. Lietuvos aklųjų biblioteka išleido kompaktinę plokštelę, skirtą J. Pipirienės kūrybai (1999 m.).

J. Pipirienė tapo Lietuvos aklųjų ir silpnaregių sąjungos neregių literatų metinio konkurso nugalėtoja už eilėraščių knygą vaikams "Kiškio slidės" (1996 m.).

Ištekėjo apie 1960 m., vyras Vytautas Pipiras (1933–1989) – darbininkas. Liko našlė. Sūnus Virgilijus Pipiras (g. 1961 m.) – inžinierius statybininkas.

Mirė 2015 m. lapkričio 23 d. Panevėžyje. Palaidota Panevėžio Šilaičių kapinėse šeimos kape prie vyro.