1997–2000 m. jis buvo Žuvininkystės departamento prie Žemės ūkio ministerijos Vidaus vandenų skyriaus vyriausiasis specialistas, 2000–2002 m. – Žuvininkystės plėtros politikos ir žuvų produktų gamybos reguliavimo skyriaus vedėjas.

1999–2002 m. jis neakivaizdžiai tęsė studijas Lietuvos teisės universiteto Valstybės valdymo fakultete, įgijo teisės ir valstybės valdymo magistro išsilavinimą.

2002–2004 m. A. Adomaitis dirbo Lietuvos Respublikos Nuolatinės atstovybės prie Jungtinių Tautų biuro ir kitų tarptautinių organizacijų Ženevoje vyriausiuoju specialistu.

2004–2006 m. jis buvo Žuvininkystės departamento prie Žemės ūkio ministerijos direktorius, 2006–2010 m. – šio departamento generalinis direktorius.

Pertvarkius departamentą, 2010–2019 m. jis buvo Žuvininkystės tarnybos prie Žemės ūkio ministerijos direktoriaus pavaduotojas, 2014–2015 m. laikinai ėjo šios tarnybos direktoriaus pareigas.

A. Adomaitis buvo Tarptautinės Baltijos jūros žuvininkystės komisijos (IBSFC) menkės išteklių racionalaus naudojimo darbo grupės narys.

Jis stažavosi žvejybos inspektavimo atviroje jūroje kursuose, organizuotuose Danijos žuvininkystės direktorato (1998 m.), kursuose "Vadovavimas žmonėms", organizuotuose Žemės ūkio kooperacijos ir verslo mokymo centro (1998 m.), seminare akvakultūros klausimais Londone (Didžioji Britanija, 2000 m.), seminare žuvininkystės statistikos klausimais Liuksemburge (2000 m.).

A. Adomaitis vykdė salmoneliozės prevencijos tyrimus, kurių rezultatai bei straipsniai buvo paskelbti tarptautiniuose paukštininkystės leidiniuose (1996 m.).

Jis prisidėjo prie Žuvininkystės įstatymo ir poįstatyminių aktų kūrimo, prie žuvų produktų pirmo pardavimo kontrolės ir aukcionų tvarkos kūrimo, rengiant Lietuvos poziciją prekybos derybų klausimais (ypač žuvininkystės subsidijų reglamentavimo, Lietuvos interesų žuvininkystės srityje užtikrinimo derybose dėl Rusijos stojimo į Pasaulio prekybos organizaciją).

2019 m. lapkritį A. Adomaitis buvo nušalintas nuo pareigų valstybės tarnybos, įtarus jį nusikalstama veikla, ir 2019–2022 m. negalėjo dirbti. Situaciją išnagrinėjęs Lietuvos Konstitucinis Teismas nustatė, kad toks nušalinimas nuo darbo, nesuteikiant galimybės dirbti, yra neteisėtas, už patirtą žalą A. Adomaičiui buvo kompensuota valstybės lėšomis. Teismuose įrodžius valstybės tarnautojo nusikalstamą veiklą, 2023 m. jis buvo nuteistas lygtine laisvės atėmimo bausme.

Laisvalaikį skiria turizmui, medžioklei, numizmatikai.

Vedęs, žmona Rasa Adomaitienė (g. 1973 m.) – valstybės tarnautoja. Sūnus Kasparas Adomaitis (g. 2008 m.).