Tėvai: Matas Balčiūnas (1874 – apie 1940) – miškininkas, žemdirbys valstietis, ir Rozalija Milašiūnaitė-Balčiūnienė (1881–?) iš Navariškių – žemdirbė. Šeima turėjo 1,5 ha žemės. Buvo vienturtis vaikas šeimoje.

Baigė Debeikių (Anykščių r.) pradžios mokyklą, daugiau nesimokė, dirbo su tėvu ūkyje ir miške, buvo Debeikių šaulių organizacijos narys.

1938–1940 m. J. Balčiūnas buvo mobilizuotas į kariuomenę, tarnavo Lietuvos karo policijoje, buvo išleistas į atsargą 1940 m. balandžio 29 d. ir grįžo į tėviškę. 1940–1943 m. jis gyveno tėviškėje ir prižiūrėjo tėvų ūkį.

1943–1944 m. J. Balčiūnas buvo Ramuldavos girios eigulys. Jis įsikūrė ir gyveno eiguvos centre Zigmantavoje (Anykščių r.).

1944 m. vasarą prasidėjus antrajai sovietinei okupacijai ir paskelbus visų 18–36 metų vyrų registraciją, J. Balčiūnas nesiregistravo ir pradėjo slapstytis. Jis pasirinko Ūdro slapyvardį, subūrė kelis Debeikių apylinkių kaimų nesiregistravusius vyrus į laisvės gynėjų Tauro būrį, įsirengė slaptavietę Ramuldavos girioje ir ten slapstėsi.

1944–1945 m. veikęs Tauro būrys priklausė Lietuvos Laisvės Armijos 3-ajai Vytauto apygardai, Liūto rinktinės Gedimino kuopai. Beveik visi būrio vyrai žuvo, kareiviams 1945 m. gruodžio pradžioje pasekus pėdsakais šviežiame sniege, apsupus ir sunaikinus Tauro būrio bunkerį.

Buvo vedęs 1941 m., žmona Ona Sapkauskaitė-Balčiūnienė-Šerelienė. Vaikų neturėjo.

Žuvo 1945 m. gruodžio 2 d. Ramuldavos girioje (Anykščių r.) – buvo susektas slaptavietėje, apsuptas ir nukautas, kai mėgino priešintis. Palaidotas Debeikių miestelio kapinėse bendrame laisvės gynėjų kape pietvakariniame kapinių pakraštyje.