Kaimas Debeikių seniūnijoje už 6 kilometrų į šiaurės rytus nuo Debeikių. Ribojasi su Jononių, Šventupio, Papšių, Virpuškių, Stasiškių kaimais, Toliškių ir Marijanavos viensėdžiais. Įsikūręs abipus kelio Čekonys–Žalioji. Per kaimą teka upeliai Uolinta – Šventosios kairysis intakas ir Brastelė – Uolintos kairysis intakas.

Yra 47 sodybos – 109 gyventojai (2000 m.), 104 gyventojai (2001 m.), 92 gyventojai (2011 m.), 93 gyventojai (2013 m.). Kaimas yra Varkujų seniūnaitijos centras (nuo 2009 m.). Nuo 2010 m. Varkujuose yra Ateities gatvė.

Varkujai (Warkulce, Werkulce) minimi Ukmergės apskrities seniūnijų 1765 m. inventoriuose. Priklausė Lietuvos didžiajam kunigaikščiui. 1923 m. kaime buvo 42 sodybos – 224 gyventojai. 1927 m. kaimas išskirstytas į vienkiemius, tuomet turėjo 605,87 ha žemės.

Po Antrojo pasaulinio karo iš Varkųjų buvo ištremti į Sibirą 7 asmenys.

1949 m. Varkujų ir Varniškių kaimuose buvo sukurtas kolūkis "Naujas gyvenimas". 1951 m. sujungus gretimus "Naujo gyvenimo" ir "Dirvos" kolūkius, kaimas 1951–1953 m. priklausė "Naujo kelio" kolūkiui. 1953 m. sujungus "Naujo kelio" ir "Didžiojo persilaužimo" kolūkius, 1953–1957 m. kaimas priklausė Georgijaus Malenkovo kolūkiui, 1957 m. pakeitus jo pavadinimą, 1957–1978 m. – "Žalgirio" kolūkiui. 1978 m. kovo 14 d. sujungus "Žalgirio" ir "Už taiką" kolūkius, kaimas 1978–1991 m. priklausė "Už taiką" kolūkiui, kol 1991 m. ūkis iširo. Georgijaus Malenkovo kolūkio, paskui "Žalgirio" kolūkio pirmininkais dirbo: 1953–1954 m. – Jonas Stasiukonis, 1954–1962 m. – Kazimieras Žižmaras, 1962–1968 m. – Alfonsas Kurkulis, 1968–1978 m. – Juozas Šilinis.

1951–1953 m. Varkujai buvo "Naujo kelio" kolūkio centras, 1953–1957 m. – Georgijaus Malenkovo kolūkio centras. Nuo 1957 m. liepos 5 d. iki 1978 m. kovo 14 d. Varkujai buvo "Žalgirio" kolūkio centrinė gyvenvietė. 1955 m. joje pradėti statyti nauji kolūkiniai gyvenamieji namai.

No XX a. vidurio iki 1973 m. Benedikto Skardžiaus namuose veikė Varkujų pradinė mokykla. Jos vedėjomis dirbo mokytojos: 1954–1958 m. – Ona Žakevičiūtė-Kažukauskienė, 1958–1963 m. – Aldona Juškienė, 1963–1973 m. – Lionė Stankevičiūtė-Juknevičienė. Nelikus vaikų, 1973 m. mokykla buvo uždaryta.

Priklauso Vyžuonų (Utenos r.) parapijai. Senosios kaimo kapinės – Pavaržėlis – nykstančios ir užželiančios. Išlikusi irstanti akmenų tvora ir iš akmenų mūro iškelti vartų stulpai, pridengti stogeliu, Yra keletas išlikusių kapaviečių, antkapinių kryžių ir jų liekanų, viename akmeniniame postamente data "1882", keli nykstantys mediniai kryžiai.

Archeologijos paminklas Varniškių piliakalnis, vadinamas Kartakalniu, Karpuvėnų piliakalniu, yra apie 0,5 km į šiaurės rytus nuo Varkujų kaimo sodybų, apie 1 km į pietus nuo Varniškių ežero, 0,3 km nuo Varkujų–Marijanavos kelio. Jis datuojamas I tūkstantmečiu. Piliakalnis įrengtas pailgoje kalvoje, šlaitai statūs, apie 9 metrų aukščio, viršūnės aikštelė 34 metrų ilgio ir 29 metrų pločio. Piliakalnio kultūrinis sluoksnis suardytas karjerais, teritorija dirvonuoja. 1969 m. piliakalnį žvalgė Lietuvos istorijos institutas.

Apie 0,8 km į šiaurės rytus nuo piliakalnio buvo I tūkstantmečio vidurio Varkujų pilkapynas – dabar jau sunaikintas.

Varkujuose 1912 m. gimė kariškis Povilas Skardžius, 1913 m. – ekonomistas Jonas Skardžius, 1923 m. – literatė poetė Genovaitė Skardžiūtė-Dubauskienė, 1932 m. – teatrologas Aleksandras Guobys ir kultūros organizatorius Vytautas Radzevičius.