Tėvas Mataušas Vodopalas.

Mokėsi Šiaulių gimnazijoje. 1878–1883 m. studijavo Kauno Žemaičių kunigų seminarijoje, kur jo moralinės teologijos ir homiletikos dėstytojas buvo Antanas Baranauskas.

Apie 1883 m. buvo įšventintas kunigu.

1884 m. J. Vodopalas minimas kaip Saločių (Pasvalio r.) Šv. Juozapo parapijos vikaras.

Apie 1888–1890 m. jis buvo Gegrėnų (Plungės r.) Jėzaus Nazaretiečio bažnyčios kuratas, Žemaičių Kalvarijos parapijos kunigas filialistas.

1890–1899 m. J. Vodopalas tarnavo Vadžgirio (Jurbarko r.) Šv. Juozapo bažnyčios kuratu, buvo Viduklės parapijos kunigas filialistas. 1899–1901 m. jis buvo Pakražančio (Kelmės r.) Švč. Mergelės Marijos bažnyčios kuratas, Kelmės parapijos kunigas filialistas. 

1901–1914 m. J. Vodopalas buvo Lyduokių (Ukmergės r.) Šv. arkangelo Mykolo parapijos klebonas.

Pakeistas parapijomis su kunigu Juozapu Vembre, 1914 m. pavasarį J. Vodopalas atvyko į Anykščius ir 1914–1916 m. buvo Anykščių Šv. Mato bažnyčios klebonas. Anykščiuose jis ugdė vikarus: 1914 m. – Liudą Adomauską, 1914–1915 m. – Juozapą Ruškį, 1914–1916 m. – Petrą Račą.

1914 m. lapkričio 1 d. J. Vodopalas pašventino naujas Andrioniškio kapines, veikiančias iki šiol.

1915 m. vasarą vokiečių okupacinei kariuomenei užėmus Anykščius, klebonas ir jo vikaras P. Račas buvo suimti. J. Vodopalas buvo įkalintas ir nelaisvėje praleido kelis mėnesius, tik žiemą grįžo į Anykščius, netekęs sveikatos.

1916 m. gegužės 3 d. jis pasitraukė iš Anykščių klebono pareigų, perduodamas parapiją paskirtam naujam klebonui Jonui Šurnai.

Mirė 1916 m. birželio 21 d. Panevėžio ligoninėje. Palaidotas Panevėžio senosiose kapinėse. Dvasininko kapo vieta nežinoma, gali būti sunykusi.