Tėvai: Jonas Vaidakavičius (1898–1978) ir Uršulė Ylaitė-Vaidakavičienė (1903–1960) – žemdirbiai. Augo trijų vaikų šeimoje. Brolis dvynys Mykolas Vaidakavičius (1925–1974) – inžinierius, 1950–1955 m. politinis kalinys, sesuo Anelė Vaidakavičiūtė-Šlaitienė-Pečkaitienė (g. 1931 m.) – technologė, kraštotyrininkė. Dėdės (motinos broliai): Stasys Yla (1908–1983) – kunigas teologas, publicistas, Jonas Yla (1910–1989) – mechanikas, visuomenininkas.

1933–1937 m. baigė Trakinių pradžios mokyklą, 1937–1939 m. – Kurklių (Anykščių r.) šešių skyrių pradžios mokyklą. Dėdės Stasio Ylos paskatintas ir remiamas, persikėlė į Kauną ir 1942–1947 m. mokėsi Kauno vakarinėje suaugusiųjų gimnazijoje, kartu 1947 m. baigė ir Kauno geležinkelininkų mokyklą. 1947–1952 m. baigė studijas Kauno politechnikos institute, įgijo tekstilės technologijos įrenginių inžinieriaus mechaniko išsilavinimą.

1952–1985 m. A. Vaidakavičius dirbo Lietuvos šilko pramonės fabrike "Kauno audiniai", kol išėjo į pensiją.

1952–1967 m. jis buvo šios įmonės inžinierius, 1967–1985 m. – vyriausiasis inžinierius. Jam vadovaujant, įmonėje buvo sukurta naujos technologijos laboratorija, kurioje buvo kuriami gražiausių raštų ir spalvų šilkiniai audiniai, pelnę įvairių apdovanojimų tarptautinėse parodose ir mugėse. Jis sukūrė kaproninių audinių dažymo nenutrūkstamu būdu technologiją ir ją įdiegė įmonėje (su Elvyra Marcinkoniene, 1959 m.), yra kitų išradimų ir racionalizacinių pasiūlymų autorius.

A. Vaidakavičiui buvo suteiktas Sovietų Sąjungos nusipelniusio išradėjo ir racionalizatoriaus garbės vardas (1983 m.).

Laisvalaikiu mėgo keliauti, senatvėje piešė akvarele, tapė paveikslus, jų sukūrė per 50.

Susituokė 1951 m., žmona Aldona Kavaliauskaitė-Vaidakavičienė (1928–2014) – pedagogė. Vaikai: Greta Vaidakavičiūtė-Jurgelevičienė (g. 1952 m.) – tekstilės dailininkė ir Saulius Vaidakavičius (g. 1959 m.) – inžinierius technologas.

Mirė 2000 m. Kaune.

A. Vaidakavičiaus gyvenimas ir veikla pristatoma Anelės Vaidakavičiūtės-Šlaitienės-Pečkaitienės kraštotyros monografijoje "Išėję, bet nepamiršti. Trakiniečiai ir Stasys Yla" (2016 m.).