Tėvai: Jonas Baltrukėnas ir Ona Josevičiūtė-Baltrukėnienė – žemdirbiai ūkininkai, turėjo 50 hektarų žemės.

Vaikystėje motina išmokė skaityti iš maldaknygės, o vyresnysis brolis – rašyti. 1918–1920 m. baigė Kamajų (Rokiškio r.) pradžios mokyklą, 1920–1924 m. – Rokiškio gimnaziją, iškart įstojęs į antrąją jos klasę. 1924–1927 m. mokėsi Kauno kunigų seminarijoje, kur baigė gimnazijos kursą, paskui 1927–1931 m. studijavo Kauno Vytauto Didžiojo universiteto Teologijos-filosofijos fakultete. Jaunystėje A. Baltrukėnas buvo skautas, Lietuvos Skautų Sąjungos narys. 1930 m. balandžio 5 d. jis buvo įšventintas subdiakonu.

1931 m. rugpjūčio 9 d. Panevėžio katedroje vyskupas Kazimieras Paltarokas įšventino A. Baltrukėną kunigu.

1931–1932 m. jis buvo vikaras Naujamiestyje (Panevėžio r.), 1932–1934 m. – Rokiškyje, kur talkino klebonui Ignui Labanauskui. 1933 m. vasarą su grupe dvasininkų jis lankėsi Romoje (Italija). 1934 m. rudenį jis kelis mėnesius ėjo Rokiškio mergaičių amatų-ruošos mokyklos kapeliono pareigas.

Paskirtas 1934 m. gruodžio 14 d., 1934–1935 m. beveik metus A. Baltrukėnas tarnavo vikaru Anykščiuose, talkindamas klebonui Juozapui Norvilai.

1935–1938 m. jis buvo Linkuvos (Pakruojo r.) parapijos vikaras ir Linkuvos gimnazijos kapelionas, 1938–1939 m. – tik kapelionas Linkuvos gimnazijoje. 1936–1939 m. jis buvo ir Lietuvos katalikių moterų draugijos Linkuvos rajono dvasios vadas. 1939 m. rudenį jis buvo atleistas iš pareigų ir išleistas studijuoti, bet studijų nepradėjo, 1939–1941 m. buvo vikaras ir kapelionas Biržuose, 1941–1942 m. – vikaras Ramygaloje (Panevėžio r.), 1942 m. vasarą trumpai ėjo Ramygalos gimnazijos kapeliono pareigas. 1942–1943 m. jis gydėsi ir kartu kelis mėnesius studijavo Romoje (Italija) teologiją.

1943–1945 m. A. Baltrukėnas buvo Subačiaus geležinkelio stoties (Kupiškio r.) Šv. Pranciškaus Asyžiečio parapijos klebonas. 1945 m. rugpjūtį pakeistas vietomis su Antanu Mažeika, 1945–1946 m. jis buvo Leliūnų (Utenos r.) Šv. Juozapo parapijos klebonas.

1946 m. rugpjūčio 16 d. A. Baltrukėnas buvo paskirtas Troškūnų (Anykščių r.) Švč. Trejybės parapijos klebonu ir 1946–1959 m. ėjo šias pareigas. Troškūnuose A. Baltrukėnas pusiau slapta mokė vaikus tikybos, platino draudžiamą religinę ir pasaulietinę literatūrą, dėl to buvo nuolat sovietų valdžios persekiojamas. 1947 m. jis surinko ir parašė Troškūnų parapijos istoriją. Jis išugdė ir parengė kunigystei Vytautą Masį.

Pašlijus sveikatai, 1959 m. gruodžio 16 d. A. Baltrukėnas pasitraukė iš klebono pareigų ir 1960–1977 m., iki gyvenimo pabaigos, liko altarista Troškūnuose. Senatvėje jis buvo paralyžiuotas, kantriai mokėsi iš naujo kalbėti, skaityti, rašyti ir pavalgyti, slaugomas politinės kalinės Angelės Bartkūnaitės.

Laisvalaikiu kaupė asmeninę biblioteką, domėjosi muzika, skambino pianinu, augino 20–40 bičių šeimų, tyrinėjo bičių gyvenimą, stebėdamas jas stikliniame avilyje. Dvasininkas nuo jaunystės buvo žinomas kaip geros kavos mėgėjas: mokėjo ją ruošti, nuolat ir gausiai gėrė ir visu svečius vaišino. Amžininkų prisiminimuose liko kaip itin švarą ir tvarką mėgęs, gražų balsą turėjęs kunigas.

Mirė 1977 m. kovo 2 d. Troškūnuose. Palaidotas Kamajų (Rokiškio r.) kapinėse šalia tėvų. Kapą ženklina paminklas su įrašu: "Tavimi, Viešpatie, pasitikėjau, nenusivilsiu per amžius".

Panevėžio Kristaus Karaliaus katedros interjere įtaisytoje marmurinėje lentoje, skirtoje šios katedros geradariams atminti, aukso raidėmis įrašyta ir kunigo Antano Baltrukėno pavardė.