Kaimas Troškūnų seniūnijoje už 15 kilometrų į šiaurės vakarus nuo Troškūnų.  Per kaimą teka upelė Vašuoka – Viešintos kairysis intakas. Ribojasi su Žukauskų, Žudžgalio, Anioliškio ir Žviliūnų kaimais. Šiauriniu pakraščiu glaudžiasi prie Pajuodžių miško.

Yra 4 sodybos – 5 gyventojai (2001 m.), 7 gyventojai (2011 m.). Priklauso Mitošiūnų seniūnaitijai (nuo 2009 m.).

Manoma, jog kaimo pavadinimas kilo nuo pavardės Pajuodis.

1923 m. kaime buvo 14 sodybų – 83 gyventojai. 1923 m. taip pat minimas Pajuodžių viensėdis – 1 sodyba, 7 gyventojai.

Po Antrojo pasaulinio karo iš Pajuodžių buvo ištremta į Sibirą 11 asmenų.

Apie 1949 m. kaimas buvo įjungtas į kolūkį, vėliau, stambinant ūkius, nuo 1950 m. priklausė I. Mičiurino vardo (nuo 1960 m. – "Pavasario", nuo 1962 m. – Žviliūnų), nuo 1975 m. – Surdegio kolūkiams, kol 1992 m. ūkis iširo.

Dabar stambiausias ūkis – Vitalijaus Petronio ūkis (ūkininkavimo kryptis – vaisių ir uogų ūkis, sulčių gamyba).

Priklauso Surdegio parapijai. Nuo XIX a. vidurio kapinių nebuvo, kaimo lauke aptikta ankstesnių palaidojimų XV–XIX a. pėdsakų.

Pajuodžiuose 1918 m. gimė kariškis Pranas Petronis, 1926 m. – kunigas Kajetonas Sakalauskas.