Tėvai: Augustinas Krištanaitis (? – iki 1944) ir Salomėja (Konstancija) Strikulytė-Krištanaitienė (?–1956) – 1945–1956 m. tremtinė Krasnojarsko krašte (Sibiras, Rusija), mirusi tremtyje. Užaugo šešių vaikų šeimoje, vyresnieji broliai Kazimieras Krištanaitis – 1945–1958 m. tremtinys Krasnojarsko krašte, Antanas Krištanaitis – laisvės gynėjas, partizanų būrio vadas, žuvęs pokario kovose, Juozapas Krištanaitis – laisvės gynėjas, žuvęs pokario kovose, ir Julius Krištanaitis (?–1939), jaunesnioji sesuo Anelė Krištanaitytė.

Mokėsi Truskavos pradžios mokykloje, 1932 m. Ramygalos (Panevėžio r.) vidurinėje mokykloje baigė 6 klases, mokydamasis buvo aktyvus ateitininkas. 1932–1935 m. studijavo Kauno kunigų seminarijoje, 1935–1939 m. tęsė studijas Kauno Vytauto Didžiojo universiteto Teologijos-filosofijos fakulteto Teologijos skyriuje, parengė ir apsigynė diplominį darbą "Lietuvių tautos dorovės kritimo priežastys ir priemonės jai pakelti", baigė studijas 13-oje laidoje ir įgijo teologinį išsilavinimą. 1938 m. balandžio 2 d. jis buvo įšventintas subdiakonu, birželio 19 d. – diakonu.

1939 m. birželio 3 d. Kauno arkikatedroje bazilikoje arkivyskupas Juozapas Skvireckas S. Krištanaitį įšventino kunigu. Kartu buvo įšventinti Leonardas Skardinskas, Jonas Voveris, Justinas Klumbys, Lionginas Keršulis, Fabijonas Kireilis, Jeronimas Matulis ir kiti kunigai.

Paskirtas 1939 m. birželį, 1939–1941 m. jis tarnavo vikaru Biržuose, 1941–1944 m. buvo Biržų gimnazijos kapelionas, 1944–1947 m. – vikaras Šeduvoje (Radviliškio r.) ir 1947–1948 m. pusantrų metų buvo  Rokiškio Šv. Mato parapijos vikaras ir Šv. Augustino bažnyčios kuratas.

1948–1951 m. jis buvo Zarasų Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų parapijos administratorius, trumpai tarnavo vikaru adjutoriumi Truskavoje (Kėdainių r.), pavaduodamas kleboną. 1951 m. vasario 1 d. jis buvo paskirtas laikinuoju Zarasų dekanato dekanu, mėnesį ėjo šias pareigas.

1951 m. sausio pradžioje S. Krištanaitis buvo areštuotas, nekaltai apkaltintas antisovietine veikla – neva per pamokslą raginęs remti partizanus – ir 1951 m. pavasarį nuteistas 10 metų kalėti ir 5 metams tremties. 1951–1956 m. jis buvo kalinamas Karagandos (Kazachija) lageriuose kartu su kriminaliniais kaliniais.

1956 m. rudenį jis grįžo į Lietuvą, būdamas nusilpusios sveikatos.

Nuo 1957 m. vasario iki lapkričio S. Krištanaitis buvo Saločių (Pasvalio r.) vikaras. Paskirtas 1957 m. lapkričio 3 d., 1957–1958 m. S. Krištanaitis trumpai, apie mėnesį, tarnavo Burbiškio (Anykščių r.) Švč. Jėzaus Širdies parapijos administratoriumi, bet netrukus persikėlė į Anykščius, prašydamas prieglobsčio ir neįstengdamas vienas žiemą kaimo parapijoje tvarkytis ir išgyventi.

1958–1963 m. jis buvo altarista vikaras Joniškėlyje (Pasvalio r.), o nuo 1963 m. rugsėjo 18 d. iki gyvenimo pabaigos senatvę praleido kaip altarista Vabalninko (Biržų r.) Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų parapijoje. Ten gyvendamas, jis 1976–1980 m. ėjo ir Kupreliškio (Biržų r.) Šv. arkangelo Mykolo parapijos klebono pareigas.

S. Krištanaitis rinko bažnyčių istorijos žinias, parašė išsamią Truskavos parapijos istoriją, rašė kunigų biografijas.

Mirė 1980 m. gegužės 22 d. Vabalninke (Biržų r.). Palaidotas Vabalninko bažnyčios šventoriuje šalia kitų kunigų. Kapą ženklina originalus medžio drožinys-stogastulpis su kenčiančio Jėzaus atvaizdu ir kunigo skulptūriniu horeljefu bei įkirstu įrašu apačioje: "Kunigas / Stanislovas / Krikštanaitis / 1912–1980".