Tėvas Kazimieras Mikolajūnas – valstybinis valstietis žemdirbys.

1851–1855 m. studijavo Varnių kunigų seminarijoje.

1855 m. J. Mikolajevskis buvo įšventintas kunigu.

1856–1858 m. jis tarnavo Kriaunų (Rokiškio r.) vikaru, 1858–1859 m. buvo Obelių (Rokiškio r.) vikaras.

1877–1886 m. J. Mikolajevskis buvo Anykščių Šv. Mato parapijos klebonas. Anykščiuose jis ugdė vikarus: 1877–1883 m. – Pranciškų Ubartą, 1884 m. – Kazimierą Augustauską, 1884–1886 m. – Kazimierą Kazimieraitį.

1886–1894 m. jis tarnavo Ylakių (Skuodo r.) Viešpaties Apreiškimo Švč. Mergelei Marijai parapijos klebonu.

Nuo 1901 m. jis minimas kaip Kurklių (Anykščių r.) Šv. Jurgio parapijos altarista, talkino klebonams Tomui Paltarokui ir Jonui Gintilai. 1905 m. balandžio 23 d., per titulinius šios bažnyčios Šv. Jurgio atlaidus, Kurkliuose jis šventė 50 metų kunigystės jubiliejų, buvo kunigas jubiliatas.

Kai kurių šaltinių duomenimis, 1905–1906 m. J. Mikolajevskis kiek laiko buvo Debeikių (Anykščių r.) Šv. Jono Krikštytojo parapijos altarista vikaras, talkino klebonui Povilui Šimkevičiui.

Senatvę praleido Kurkliuose kaip šios parapijos rezidentas.

Mirė 1913 m. rugsėjo 20 d. Kurkliuose (Anykščių r.). Palaidotas Kurklių kapinėse prie koplyčios. Kapą juosia metalinės grandinės tvorelė, jį ženklina šlifuoto tamsaus akmens paminklas-kryžius su iškaltu įrašu: "S.+A. / Čeny guli kunas / kuniga / J. Mikolajauska / Gim. 1830 m. Mir. 1913 m.".