Gimimo data nustatyta pagal Svėdasų parapijos krikšto metrikų įrašą. Gimimo data pagal naująjį kalendorių – 1874 m. spalio 29 d.

Tėvai: Ksaveras Maciūnas (1828–?) ir Anelė Pivoriūnaitė-Maciūnienė – valstiečiai žemdirbiai.

1874 m. spalio 20 d. Svėdasų bažnyčioje jį pakrikštijo šios bažnyčios vikaras Felicijonas Bytautas, krikštatėviais buvo valstiečiai Kazimieras Gikys ir Marijona Banytė.

Vidurinį mokslą baigė Palangos progimnazijoje ir Mintaujos (dabar – Jelgava, Latvija) gimnazijoje. Studijavo Maskvos (Rusija) universiteto Medicinos fakultete, įgijo gydytojo išsilavinimą.

Už gautą stipendiją J. Maciūnas turėjo tarnauti kaip Rusijos carinės valdžios skirtas gydytojas. Jis dirbo Sibire (Rusija), taip pat Semipalatinsko srityje (Kazachija). 

Tik po 1905 m. revoliucijos J. Maciūnas persikėlė į Lietuvą. 1907–1908 m. jis dirbo kaip valsčiaus gydytojas Jurbarke, 1908–1913 m. – Papilėje (Akmenės r.), vėliau – Rozalime (Pakruojo r.).

Pirmojo pasaulinio karo metais J. Maciūnas buvo mobilizuotas kaip karo gydytojas, gavo pulkininko karinį laipsnį.

1918 m. jis grįžo iš kariuomenės į Lietuvą ir apsigyveno Linkuvoje (Pakruojo r.), kur iki 1930 m. vertėsi privačia gydytojo praktika, kartu dalyvaudamas ir visuomeninėje bei pedagoginėje veikloje.

1918 m. J. Maciūnas buvo išrinktas Joniškėlio apskrities komiteto nariu, ilgą laiką jis buvo ir Linkuvos vartotojų bendrovės valdybos nariu. Nuo 1918 m. jis taip pat buvo Lietuvos mokslo draugijos Vilniuje nariu.

1923 m. J. Maciūnas buvo išrinktas ką tik Linkuvoje įkurtos privačios gimnazijos išlaikymo draugijos pirmininku. Paskirtas 1923 m. rugpjūčio 1 d., 1923–1930 m. jis dirbo Linkuvos gimnazijos mokytoju.

1930–1938 m. J. Maciūnas buvo Lietuvos Respublikos Vidaus reikalų ministerijos Sveikatos departamento direktorius. 

Baigęs valstybinę tarnybą, jis trumpai dirbo gydytoju Kaune, paskui grįžo į Linkuvą, kur pasiliko iki gyvenimo pabaigos.

Dar lietuviškos spaudos draudimo laikais J. Maciūnas pradėjo rašyti, versti iš kitų kalbų. Kai kurie jo vertimai ir originalūs kūriniai buvo išspausdinti tik Nepriklausomoje Lietuvoje. Jis rašė daugiausia sveikatos ir medicinos klausimais leidiniuose "Medicina", "Vairas" ir kituose, buvo Lietuviškosios enciklopedijos bendradarbis.

J. Maciūnas išleido  išleido "Trumpą higienos vadovėlį" aukštosioms ir vidurinėms mokykloms (1929 m.).

Pagalbiniam medicinos personalui pritrūkus mokomosios literatūros lietuvių kalba, J. Maciūnas išvertė iš vokiečių kalbos porą stambių veikalų: S. Hammerschlogo ir kitų autorių parengtą "Akušerės vadovėlį" (1936 m.), dr. Ostermenno "Ligonių slaugymo vadovėlį" (1938 m.).

Jis buvo apdovanotas Didžiojo Lietuvos Kunigaikščio Gedimino 3-ojo laipsnio ordinu (1932 m.).

Buvo vedęs, žmona Juozapina Šiaučiūnaitė-Maciūnienė – kunigo Liudviko Šiaučiūno sesuo. Sūnūs: Vytautas Maciūnas (apie 1906 – 1945) – inžinierius, Vincas Maciūnas (1909–2003) – mokslininkas kalbininkas literatūrologas, literatūros istorikas, ir Algirdas Maciūnas (1913–2008) – gydytojas chirurgas, vadovas.

Mirė 1946 m. liepos 22 d. Linkuvoje (Pakruojo r.). Palaidotas Linkuvos kapinėse.