Tėvai: Jonas Valonis (1889–?) iš Ramanavos (Anykščių r.) – Lietuvos kariuomenės savanoris, žemdirbys ūkininkas, turėjo 16 hektarų žemės, ir Marija Skrebytė-Valonienė (1884–1950) – žemdirbė, 1948–1950 m. tremtinė Pimijoje (Krasnojarsko kr., Sibiras, Rusija), mirusi tremtyje. Augo šešių vaikų šeimoje, buvo vyriausias. Seserys ir brolis: Marija Valonytė (1926–1952) – 1948–1952 m. tremtinė Pimijoje (Krasnojarsko kr.), mirusi tremtyje, Emilija Valonytė-Zalagėnienė (g. 1927 m.) – laisvės gynėja, partizanų ryšininkė Amazonė, 1948–1955 m. politinė kalinė Irkutsko srities (Rusija) lageriuose, 1955–1956 m. tremtinė Pimijoje (Krasnojarsko kr.), Janina Valonytė (g. 1930 m.) – politinė kalinė, Irena Paulina Valonytė-Ščipina (g. 1932 m.) – 1948–1956 m. tremtinė Pimijoje (Krasnojarsko kr.), likusi gyventi Rusijoje, ir Pranas Valonis (g. 1935 m.) – laisvės gynėjas, politinis kalinys.

1922 m. rugsėjo 15 d. Surdegio bažnyčioje jį Juozapo Vytauto vardais pakrikštijo klebonas Vincentas Kemėšis, krikštatėviais buvo Juozapas Verslavėnas ir Michalina Skrebytė.

Užaugo ir gyveno su tėvais Jovarų kaime (Anykščių r.), dirbo tėvų ūkyje. 1944 m. vasarą J. Valonis buvo sovietinių kareivių suimtas ir vežamas į frontą kariauti prieš vokiečius, bet Surdegio (Anykščių r.) geležinkelio stotyje pabėgo. Kiek laiko jis slapstėsi, paskui įsijungė į laisvės gynėjų gretas, buvo Kęstučio būrio partizanas, pasirinko Merkio slapyvardį. Nuo 1946 m. jis buvo Vytenio rinktinės Merkio būrio vadas.

1948 m. vasarį žuvus Šarūno rinktinės Kęstučio būrio vadui Vladui Petroniui-Klevui, J. Valonis-Merkys buvo paskirtas šio būrio vadu ir šias pareigas ėjo iki 1951 m., kol nebeliko veikiančių Šarūno rinktinės Laisvės rajono partizanų.

J. Valonis kelis kartus dalyvavo laisvės gynėjų kautynėse su sovietinės kariuomenės daliniais. Viename iš tokių susirėmimų jis buvo sužeistas į ranką ir koją, nuvežtas į Panevėžio ligoninę, kur gydytojas Uksas jam slapta suteikė būtinąją pagalbą. Slaugomas artimųjų namuose, jis pasveiko.

1951–1952 m. jis buvo Vyčio apygardos Radvilos rinktinės Merkio būrio vadas.

Susituokė Surdegio bažnyčioje, žmona Stefanija Tamošiūnaitė-Aušra (?–?) – partizanų ryšininkė. Sūnus Valdas.

Žuvo 1952 m. sausio 22 d. Jovarų kaime (Anykščių r.) – buvo nušautas pasaloje laukusio sovietinio saugumo agento, kai užsuko namo aplankyti ten gyvenusios žmonos. Palaikai buvo palikti Petkūnų miške, paskui išgabenti į Troškūnus ir užkasti žvyrduobėse dabartinių Troškūnų miestelio kapinių teritorijoje. 1992 m. sutvarkytoje bendroje kapavietėje palaidojimo vietą ženklina vardinis kryžius (autorius Eligijus Smetona).

J. Valonis apdovanotas Vyties Kryžiaus ordino Komandoro kryžiumi (po mirties, 2005 m.), Lietuvos kariuomenės kūrėjų savanorių medaliu (po mirties, 2001 m.).

J. Valonio-Merkio gyvenimas ir veikla išsamiai pristatoma Povilo Gaidelio biografiniame albume "100 širdžių – ant tėvynės laisvės kovų aukuro" (2019 m.).