Tėvai: Augustinas Laugalis ir Marcijona Rimkutė-Laugalienė – valstiečiai žemdirbiai.

1881 m. rugpjūčio 28 d. Batakių bažnyčioje jį pakrikštijo klebonas Juozapas Butavičius, krikštatėviais buvo Petras Laugalis ir Marijona Kubiliūtė.

1903–1908 m. studijavo Žemaičių kunigų seminarijoje Kaune.

1908 m. gegužės 8 d. buvo įšventintas kunigu.

1908–1911 m. J. Laugalis buvo Ylakių (Skuodo r.) vikaras, 1911–1915 m. tarnavo vikaru Kartenoje (Kretingos r.), 1915–1918 m. – Skuode.

Atvykęs 1918 m. rugpjūtį, 1918–1920 m. jis buvo vikaras Debeikiuose (Anykščių r.), talkino klebonui Jonui Ulickui.

Nuo 1920 m. kovo 3 d. iki 1925 m. balandžio 10 d. jis buvo Andrioniškio (Anykščių r.) bažnyčios kuratas, Anykščių parapijos kunigas filialistas.

1925 m. pasikeitęs vietomis su Lėno kuratu Jurgiu Kazakevičiumi, J. Laugalis išvyko į Lėną (Ukmergės r.) ir 1925–1933 m. buvo Lėno kuratas, Vadoklių parapijos kunigas filialistas. Ten jis baigė statyti Lėno Šv. Antano Paduviečio bažnyčią. Jo rūpesčiu naujoji akmenų mūro bažnyčia 1925 m. buvo nutinkuota iš lauko, 1927 m. įdėtos medinės lubos, 1928 m. atlikti kiti apdailos ir parengimo pamaldoms darbai, o laikinoji koplyčia, statyta 1921 m., pertvarkyta į prieglaudą.

1928 m. J. Laugalis buvo atsiųstas į Traupio (Anykščių r.) Šv. Onos parapiją, kur pavadavo sergantį kleboną Domininką Tuskenį.

Nuo 1933 m. rugpjūčio 10 d. jis buvo paskirtas Vadoklių (Panevėžio r.) parapijos altarista ir ten liko iki gyvenimo pabaigos.

Mirė 1935 m. gegužės 7 d. Vadokliuose (Panevėžio r.). Palaidotas Vadoklių bažnyčios šventoriuje bendrame dviejų kunigų kape. Kapavietę dengia pasvira tamsiai pilko šlifuoto akmens plokštė su iškaltu įrašu: "A. + A. / Kun. Jonas / Laugalis / 53 metų amž. / mirė 1935 m. geguž. 7 d.". Bendrą jo ir 1922 m. mirusio kunigo Felikso Klimo kapą ženklina dekoratyvus lietas geležinis kryžius su postamente išlietu įrašu: "Garbink Wieszpatį / iš turtų tawa / o isz pirmolakiu wisokiu / jawu tawa duok jam. Pr. III, 9".