Tėvai: Juozapas Sabalys (1860 – po 1937) – žemdirbys, politikas, ir Uršulė Žvirblytė-Sabalienė (1888–1937) iš Pauriškių – valstietė žemdirbė. Broliai ir seserys: Elena Sabalytė (1908–2001), Antanas Sabalys (1910–1942) – kariškis, ryšininkas, politinis kalinys, Eugenija Sabalytė (apie 1915 – 1937) ir kt.

Mokėsi Užpalių (Utenos r.) vidurinėje mokykloje, 1932 m. baigė Rokiškio gimnaziją. 1932–1937 m. studijavo Vytauto Didžiojo universiteto Teisių fakultete, įgijo teisininko išsilavinimą.

1938 m. liepos 8 d. J. Sabalys buvo pašauktas į Lietuvos kariuomenę ir pasiųstas į Karo mokyklą Kaune, ją baigė 1939 m. rugsėjo 18 d. XIV aspirantų laidoje, gavo pėstininku atsargos jaunesniojo leitenanto karinį laipsnį, bet buvo paliktas karo tarnyboje.

1939 m. rudenį J. Sabalys tarnavo 4-ajame pėstininkų Lietuvos Karaliaus Mindaugo pulke, buvo 1-ojo bataliono 4-osios kuopos būrio vadas, kol 1939 m. lapkričio 21 d. buvo paleistas į pėstininkų karininkų atsargą.

Pirmosios sovietinės okupacijos laikotarpiu 1940 m. J. Sabalys dirbo Vilniaus milicijos III skyriaus vyresniuoju operatyviniu įgaliotiniu.

Po karo jis dirbo pedagoginį darbą, 1946–1952 m. buvo Duokiškio (Rokiškio r.), vėliau Tadauskų (Rokiškio r.) pradinių mokyklų mokytojas.

1952–1955 m. jis buvo Kupiškio melioracijos valdybos buhalteris, 1955–1960 m. – Rokiškio rajono Bogdalavos tarybinio ūkio buhalteris, 1960–1983 m. irbo Biržų rajono Kraštų tarybiniame ūkyje.

Buvo vedęs, žmona Benedikta Petronytė-Sabalienė (1923–1999). Vaikai: Juozas Sabalys (g. 1947 m.), Aldona Sabalytė (g. 1951 m.), Linas Sabalys (g. 1954 m.) ir Egidijus Sabalys (g. 1961 m.) – verslininkas, sportininkas futbolininkas.

Mirė 1990 m. rugsėjo 15 d. Palaidotas Svėdasų (Anykščių r.) kapinėse.

J. Sabalio biografija pateikta enciklopedinio žinyno "Lietuvos kariuomenės karininkai : 1918–1953" 7-ajame tome (2007 m.).