1969–1980 m. baigė Linkuvos (Pakruojo r.) vidurinę mokyklą. 1980–1986 m. studijavo Kauno tarpdiecezinėje kunigų seminarijoje.

1986 m. birželio 1 d. S. Filipavičius buvo įšventintas kunigu.

1986–1990 m. jis buvo Panevėžio Kristaus Karaliaus katedros vikaras.

Paskirtas 1990 m. gegužės 29 d., 1990–2024 m. S. Filipavičius buvo Troškūnų (Anykščių r.) Švč. Trejybės bažnyčios klebonas.

1996–2024 m. jis buvo ir Raguvėlės (Anykščių r.) Šv. diakono Stepono parapijos administratorius. 1996–2007 ir 2008–2024 m. jis buvo ir Surdegio (Anykščių r.) Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų parapijos administratorius, 2008 m.  keletą mėnesių buvo ir Traupio (Anykščių r.) Šv. Onos parapijos administratorius.

2000–2005 m. jis buvo Anykščių dekanato dekanas, 2005–2024 m. – vicedekanas.

S. Filipavičius neakivaizdžiai tęsė studijas ir 2002 m. baigė Kauno Vytauto Didžiojo universiteto magistratūrą, yra bažnytinės teisės specialistas. Jis taip pat lankė vokiečių kalbos kursus Augsburgo vyskupijoje ir Padeborne (Vokietija), stažavosi anglų kalbos kursuose JAV.

2024 m. liepą atleistas iš pareigų Panevėžio vyskupijos parapijose, S. Filipavičius buvo išleistas gydytis į Vilnių.

2001 m. Panevėžio vyskupas Juozas Preikšas paskyrė S. Filipavičių Panevėžio vyskupijos katedros kapitulos kanauninku. Jis buvo Panevėžio vyskupijos Bažnyčios pastatų statybos, remonto ir priežiūros komisijos narys, yra Panevėžio vyskupijos tribunolo (bažnytinio teismo) santuokos ryšio gynėjas, Panevėžio vyskupijos kunigų tarybos narys (nuo 2016 m.).

S. Filipavičius buvo Anykščių rajono savivaldybės visuomeninės kultūros tarybos narys, Anykščių kredito unijos Stebėtojų tarybos narys, yra Panevėžio LIONS klubo narys.

S. Filipavičius apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu (2000 m.). Lietuvos kultūros centrų asociacija jam skyrė "Auksinio fenikso" apdovanojimą "Geriausio metų kultūros centro partnerio" nominacijoje (2016 m.). Tautinių mažumų departamentas prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės už svarų indėlį ir nuopelnus, puoselėjant tautinę darną, skatinant kultūrinę įvairovę ir vienijant daugiatautę Lietuvą, jį apdovanojo Auksiniu garbės ženklu "Už nuopelnus" (2022 m.). Už jaunų žmonių saviraiškos skatinimą ir rėmimą Lietuvos Respublikos Seimas jį apdovanojo G. Petkevičaitės-Bitės atminimo medaliu "Tarnaukite Lietuvai" (2024 m.). Lietuvos medžiotojų draugija suteikė jam Garbės medžiotojo vardą (2024 m.).

Anykščių visuomenės rinkimuose jis buvo išrinktas europietiškiausiu anykštėnu (2003 m.). "Anykštos" žiniasklaidos grupės pirmą kartą surengtuose įtakingiausių anykštėnų rinkimuose jis pripažintas įtakingiausiu Anykščių rajono visuomenininku (2022 m.).

Laisvalaikį skiria medžioklei, bitininkystei.