1969–1980 m. baigė Linkuvos (Pakruojo r.) vidurinę mokyklą. 1980–1986 m. studijavo Kauno tarpdiecezinėje kunigų seminarijoje.

1986 m. birželio 1 d. S. Filipavičius buvo įšventintas kunigu.

1986–1990 m. jis buvo Panevėžio Kristaus Karaliaus katedros vikaras.

Nuo 1990 m. gegužės 29 d. S. Filipavičius yra Troškūnų (Anykščių r.) Švč. Trejybės bažnyčios klebonas, taip pat administruoja Raguvėlės (Anykščių r.) Šv. diakono Stepono parapiją. Iki 2007 m. jis buvo ir nuo 2008 m. vėl yra Surdegio (Anykščių r.) Švč. Mergelės Marijos Ėmimo į dangų parapijos administratorius, 2008 m. keletą mėnesių buvo Traupio (Anykščių r.) Šv. Onos parapijos administratorius.

2000–2005 m. jis buvo Anykščių dekanato dekanas, nuo 2005 m. yra vicedekanas.

S. Filipavičius neakivaizdžiai tęsė studijas ir 2002 m. baigė Kauno Vytauto Didžiojo universiteto magistratūrą, yra bažnytinės teisės specialistas. Jis taip pat lankė vokiečių kalbos kursus Augsburgo vyskupijoje ir Padeborne (Vokietija), stažavosi anglų kalbos kursuose JAV.

S. Filipavičius rekonstravo ir visuomenės reikmėms pritaikė Troškūnų vienuolyną. Jame kunigas rengia Adolfo Kolpingo draugijos jaunimo stovyklas, įvairius kultūrinius renginius, yra A. Kolpingo draugijos Troškūnų šeimos dvasios vadovas. Jis taip pat yra Lietuvos A. Kolpingo draugijos vadovas (nuo 2007 m.), dalyvavo šios ir kitų visuomeninių organizacijų seminaruose Lietuvoje, Skandinavijos ir kitose šalyse.

2001 m. Panevėžio vyskupas Juozas Preikšas paskyrė S. Filipavičių Panevėžio vyskupijos katedros kapitulos kanauninku. Jis taip pat yra Panevėžio vyskupijos Bažnyčios pastatų statybos, remonto ir priežiūros komisijos narys, Panevėžio vyskupijos tribunolo (bažnytinio teismo) santuokos ryšio gynėjas, Panevėžio vyskupijos kunigų tarybos narys (nuo 2016 m.).

S. Filipavičius buvo Anykščių rajono savivaldybės visuomeninės kultūros tarybos narys, yra Anykščių kredito unijos Stebėtojų tarybos narys, Panevėžio LIONS klubo narys.

S. Filipavičius apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu (2000 m.). Jis buvo išrinktas europietiškiausiu anykštėnu (2003 m.). Lietuvos kultūros centrų asociacija jam skyrė "Auksinio fenikso" apdovanojimą "Geriausio metų kultūros centro partnerio" nominacijoje (2016 m.). Tautinių mažumų departamentas prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės už svarų indėlį ir nuopelnus, puoselėjant tautinę darną, skatinant kultūrinę įvairovę ir vienijant daugiatautę Lietuvą, jį apdovanojo Auksiniu garbės ženklu "Už nuopelnus" (2022 m.).

"Anykštos" žiniasklaidos grupės pirmą kartą surengtuose įtakingiausių anykštėnų rinkimuose jis pripažintas įtakingiausiu Anykščių rajono visuomenininku (2022 m.).

Laisvalaikį skiria medžioklei, bitininkystei.