Tėvai: Antanas Mačeika (apie 1861 – ?) ir Marijona Bublytė-Mačeikienė (? – apie 1901) – valstiečiai žemdirbiai. Broliai ir seserys: Teresė Mačeikaitė-Žvirblienė, Napoleonas Mačeika (1890–1976) – nuo XX a. pradžios emigrantas JAV, Juozapas Mačeika – nuo XX a. pradžios emigrantas JAV, Ona Mačeikaitė (1895–?), Marijona Mačeikaitė (1896–?), Steponas Mačeika (1898–?). Motinai anksti mirus, o tėvui vėl vedus, augo su pamote Uršule Augulyte-Mačeikiene (apie 1877 – ?) ir naujoje šeimoje gimusiais vaikais, brolis ir seserys: Ignas Mačeika (1910–1981), Vitalija Mačeikaitė ir Kristina Mačeikaitė.

1900 m. liepos 30 d. Svėdasų bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Izidorius Gudavičius, krikštatėviai buvo valstiečiai sutuoktiniai Karolis ir Veronika Diliai.

Mokėsi Svėdasų (Anykščių r.) progimnazijoje, Utenos gimnazijoje. 1924 m. Utenoje baigė mokytojų kursus.

1924–1930 m. J. Mačeika buvo Užpalių (Utenos r.) pradinės mokyklos mokytojas ir šios mokyklos vedėjas. 1930 m. pavasarį Užpaliuose įkūrus Vytauto Didžiojo komiteto skyrių, jis buvo išrinktas šio skyriaus valdybos nariu, knygininku.

Pasikeitęs darbo vietomis su mokytoja Sofija Barisaite, 1930–1941 m. J. Mačeika gyveno Anykščiuose, dirbo Anykščių liaudies mokykloje mokytoju ir šios pradinės mokyklos vedėju, mokė daugiausia vyresniųjų klasių mokinius.

Mokytojas J. Mačeika būrė Anykščių jaunimą laisvalaikio veiklai: rengė keliones, išvykas, kultūrinius vakarus, režisuodavo sceninius vaidinimus. Jis buvo Jaunųjų ūkininkų ratelio vadovas, Iškylų komiteto narys.

J. Mačeika taip pat buvo šaulys, 1933 m. su kitais bendražygiais įsteigęs Anykščių šaulių klubą. 1939–1940 m. jis buvo Lietuvos šaulių sąjungos Anykščių šaulių kuopos tarybos narys, kasininkas.

Jis bendradarbiavo spaudoje, buvo Jono Basanavičiaus liaudies universiteto lektorius, organizuodavo Anykščiuose tautinių švenčių minėjimus.

Iš kitų mokytojų jis išsiskyrė savo pomėgiais: grodavo kanklėmis, plaukiodavo baidare po Rubikių ežerą.

1941 m. birželio 14 d. J. Mačeika su šeima iš Anykščių buvo ištremtas į Sibirą (Rusija).

1941–1942 m. jis gyveno Bobrovkoje (Barnaulo rajonas, Altajaus kraštas), paskui dar kartą su visa šeima buvo tremiamas į šiaurę, 1942–1957 m. gyveno Kuogastache (Ust Jansko rajonas, Jakutija), vėliau Sangare, prie Laptevų jūros (Kobiajaus rajonas, Jakutija). Ten J. Mačeika dirbo žveju, vėliau buvo šachtos raštininkas, elektros stoties budėtojas.

Paleistas iš tremties 1957 m., tremtyje jis sulaukė pensijinio amžiaus ir į Lietuvą jis su žmona grįžo tik 1960 m. Iš pradžių jis įsikūrė ir gyveno Anykščiuose, o senatvę praleido Krikštėnuose (Ukmergės r.) jauniausios dukters šeimoje.

Susituokė 1931 m. vasario 1 d. Anykščių bažnyčioje, žmona Sofija Kiaulevičiūtė-Mačeikienė (1901–1996) iš Andrioniškio – mokytoja, laisvės gynėjo Vlado Kiaulevičiaus sesuo, 1941–1960 m. tremtinė. Vaikai: Nijolė Mačeikaitė-Dalinger (1931–1994) – 1941–1957 m. tremtinė, pedagogė matematikos mokytoja, Arvydas Mačeika (1934–2018) – 1941–1957 m. tremtinys, elektrikas technikas, ir Asta Mačeikaitė-Jurkevičienė (g. 1935 m.) – 1941–1957 m. tremtinė, miškininkė.

Mirė 1977 m. rugpjūčio 6 d. Krikštėnuose (Ukmergės r.). Palaidotas Krikštėnų kapinėse šeimos kape. Kapą ženklina rausvo iš dalies šlifuoto akmens paminklas-stela, jame iškaltas įrašas: "Jonas Mačeika / mokytojas / 1900 VII 21 – 1977 VIII 6 / Sofija Mačeikienė / 1901 I 11 – 1996 VI 7".

J. Mačeikos gyvenimas ir veikla pristatyta biografijų ir prisiminimų knygoje "Butėnų kaimo šviesuoliai" (2012 m.).