Kaimas Kavarsko seniūnijoje už 9 kilometrų į pietus nuo Kavarsko. Ribojasi su Pravydžių, Jokūbavos, Mackonių, Būdų ir Kezių kaimais, Dagios I ir Pikietos viensėdžiais.

Yra 1 sodyba – gyventojų nėra (2001 ir 2011 m.).

1744 m. Vilniaus vyskupijos sinodo leidinyje minimas Punkėnų kaimas.  Baudžiavos metais Punkėnų kaimo žmonės ėjo dirbti į pono Charmansko dvarą.

1923 m. kaime buvo 18 sodybų – 97 gyventojai. 1941 m. kaimas išskirstytas į vienkiemius, tuomet turėjo 193,10 ha žemės, buvo 22 sodybos.

Po Antrojo pasaulinio karo iš Pankėnų niekas nebuvo ištremtas į Sibirą.

1949 m. kaimas buvo įjungtas į kolūkį "Pakelta velėna", vėliau, stambinant ūkius, nuo 1950 m. priklausė "Žalgirio" (nuo 1962 m. – "Vilties") kolūkiui, 1965–1992 m. – Jakšiškio tarybiniam ūkiui, kol ūkis 1992 m. iširo.

Nuo 2021 m. Pankėnų kaimo teritorijoje koncerno "Achemos grupė" įmonė bendrovė "Renerga-1" plečia Kunigiškių vėjo jėgainių parką, statydama keturias naujas vėjo elektrines (dar tris – gretimose Pravydžių ir Mackonių kaimų teritorijose), bendra instaliuotoji galia sieks 16,5 MW. Trys pirmosios vėjo jėgainės po 3 MW galios paleistos 2022 m.

Priklauso Kavarsko parapijai. Kapinių nebuvo.