Tėvai: Antanas Maželis (?–1937) ir Juzefa Maželienė (?–1897) – žemdirbiai mažažemiai valstiečiai, turėjo 5 hektarus žemės. Sesuo Marijona Maželytė-Turčinskienė (1882–1966).

1903 m. J. Maželis išvyko į Maskvą (Rusija), kur gyveno pas dėdę (tėvo brolį) ir baigė gimnaziją. Dirbdamas inžinieriaus Luščenskio kontoroje, jis pradėjo studijuoti teisę.

1908 m. už dalyvavimą pogrindinėje kairiosios krypties organizacijoje "Jaunimo lyga" J. Maželis buvo areštuotas, tardomas ir turėjo palikti Maskvą, grįžo į Alantą. Iki 1911 m. jis gyveno Kaune, vėliau 1911–1912 m. dirbo Andrioniškio (Anykščių r.) valsčiaus valdyboje raštininku, 1912–1914 m. buvo Aluotų (Svėdasų) valsčiaus valdybos raštininkas Kunigiškių kaime (Anykščių r.), 1914–1915 m. vėl buvo Andrioniškio valsčiaus valdybos raštininkas.

Prasidėjus Pirmajam pasauliniam karui, 1915 m. jis pasitraukė į Rusiją, gyveno Voroneže, vėliau tarnavo carinės Rusijos armijos 5-ajame kazokų pulke. 

1918 m. J. Maželis grįžo į Lietuvą, gyveno Vilniuje ir dirbo bolševikinėje V. Mickevičiaus-Kapsuko vadovaujamoje Lietuvos laikinojoje revoliucinėje darbininkų ir valstiečių vyriausybėje.

Vilnių užėmus lenkams, 1919 m. gegužę J. Maželis grižo į Alantą ir ten 1919–1920 m. dirbo Alantos kooperatyvo pirmininku. 1919 m. liepą Alantą ir dalį Alantos valsčiaus užėmus lenkų kariuomenei, rūpindamasis okupuoto Alantos krašto žmonių reikalais, jis rašė skundus administracijai į Vilnių dėl prievartinio lenkinimo, neteisėtų suėmimų ir kitais reikalais.

1920 m. liepą Lietuvos kariuomenei išstūmus lenkus iš Alantos krašto, J. Maželis buvo paskirtas policijos pareigūnu ir 1920–1924 m. buvo pirmasis Utenos policijos nuovados viršininkas.

1924–1940 m. J. Maželis gyveno ir dirbo Anykščiuose. Paskirtas 1924 m. kovo 1 d., 1924–1928 m. ketverių metų kadenciją jis buvo pirmasis Anykščių policijos nuovados taikos teisėjas.

Paskirtas 1928 m. balandžio 1 d., 1928–1940 m. J. Maželis dirbo Anykščių notaru. Jis taip pat buvo Anykščių kooperatyvo "Aruodas", turėjusio 90 narių, pirmininkas, Anykščių vyno fabriko savininko Balio Karazijos asmeninis advokatas.

J. Maželis aktyviai dalyvavo Anykščių inteligentų kultūrinėje ir visuomeninėje veikloje. 1925 m. jis kartu su Adomu Laskausku, Antanu Žukausku, Jonu Puodžiūnu ir Pauliumi Veteikiu įsteigė Anykščiuose vieną pirmųjų laisvalaikio veiklos visuomeninių organizacijų – Visuomenės klubą.

1921–1940 m. J. Maželis buvo šaulys, Lietuvos šaulių sąjungos Utenos ir Anykščių kuopų narys. Jis buvo Anykščių šaulių klubo steigėjas (kartu su Juozu Rameliu, Jonu Mačeika ir Jurgiu Rimkumi, 1933 m.), Iškylų komiteto narys (kartu su Antanu Vienuoliu-Žukausku, Tomu Glodu ir Jonu Mačeika). 1937–1940 m. jis buvo Lietuvos tautininkų sąjungos narys, šios politinės partijos Anykščių skyriaus valdybos narys, 1939–1940 m. – iždininkas.

1937–1940 m. J. Maželis buvo ir Anykščių Ugniagesių draugijos valdybos narys bei revizijos komisijos narys. Tačiau 1940 m. vasario 8 d. Anykščiuose sudegus notaro J. Maželio biurui, mieste buvo atskleisti savanorių ugniagesių darbo trūkumai ir pradėta burti alternatyvi šaulių ugniagesių komanda. J. Maželis buvo vienas iš jos kūrimo iniciatorių, bylinėjosi su savanoriais ugniagesiais dėl jo biurui padarytos žalos, bet savo tiesos neįrodė ir iš ugniagesių draugijos pasitraukė.

Pirmosios sovietinės okupacijos pradžioje 1940 m. liepos 12 d. Anykščiuose J. Maželis KGB pareigūnų buvo suimtas, tardomas ir 1940–1941 m. kalinamas Kauno sunkiųjų darbų kalėjime. Ypatingasis pasitarimas 1941 m. balandžio 19 d. skyrė jam 5 metų laisvės atėmimo bausmę. Tačiau 1941 m. birželį, gabenant jį į laisvės atėmimo vietą – Gorkio (dabar – Žemutinis Naugardas, Rusija) kalėjimą, Kaune jam pavyko pabėgti.

1941–1944 m. vokiečių okupacijos laikotarpiu J. Maželis gyveno Utenoje ir užsiėmė privačia notaro veikla.

Antrosios sovietinės okupacijos laikotarpiu, vengdamasis sovietinių represijų, jis nuolat keitė darbo vietas: gyveno ir dirbo Vadokliuose (Panevėžio r.), Upytėje (Panevėžio r.), Antalieptėje (Zarasų r.). Kažkuriuo metu sovietinės valdžios jis buvo areštuotas, tačiau teisme pats be advokato apsigynė ir buvo išteisintas.

Buvo vedęs apie 1909 m., žmona Marijona Audenytė-Maželienė (1890–?) iš Užpalių (Utenos r.). Vaikai: Antanas Maželis (1911–1995) – valstybės tarnautojas, emigrantas Australijoje, Vytautas Maželis (1914–2008) – kariškis ir teisininkas, fotografas, 1941 m. sukilimo Kaune organizatorius, emigrantas JAV, Ona Maželytė (1919–?) ir Jonas Maželis (1929–2000) – 1945–1956 m. politinis kalinys ir tremtinys, pasilikęs ir miręs Rusijoje.

Mirė 1974 m. – žuvo avarijoje.

J. Maželio gyvenimą ir veiklą tiria Alantos krašto istorijos tyrinėtojas Gintautas Šeikis.