Baigė Kauno Žemaičių kunigų seminariją.

1896 m. J. Šapalas buvo įšventintas kunigu.

1896–1901 m. jis tarnavo vikaru Vyžuonose (Utenos r.), Žeimiuose (Jonavos r.), Laukuvoje (Šilalės r.).

Atvykęs 1901 m. spalį, 1901–1904 m. J. Šapalas buvo vikaras Svėdasuose (Anykščių r.), talkino klebonui Antanui Lenkevičiui, kol 1904 m. rugpjūtį buvo iškeltas. Nuo 1904 m. jis tarnavo vikaru Smilgiuose (Panevėžio r.),  paskui iki 1908 m. – Vainute (Šilutės r.). 1908–1909 m. jis buvo Kurklių (Anykščių r.) parapijos vikaras, talkino klebonui Juozapui Remeikiui.

1909–1913 m. J. Šapalas buvo Palonų (Radviliškio r.) Dievo Apvaizdos bažnyčios kuratas, kunigas filialistas, 1913–1918 m. – Salamiečio (Kupiškio r.) Šv. Antano Paduviečio bažnyčios kuratas, kunigas filialistas.

1918 m. pavasarį J. Šapalas buvo skiriamas Andrioniškio (Anykščių r.) bažnyčios kuratu ir turėjo pasikeisti su Juozapu Kirna, bet po mėnesio sulaukė naujo paskyrimo ir Andrioniškyje įsikurti nespėjo.

1918–1931 m., iki gyvenimo pabaigos, J. Šapalas buvo Šaukoto (Radviliškio r.) Švč. Trejybės parapijos klebonas – pirmasis tokias pareigas ėjęs dvasininkas apie 1922 m. įsteigtoje Šaukoto parapijoje.

Mirė 1931 m. gegužės 9 d. Kaune ligoninėje. Palaidotas Šaukote.