Tėvai: Petras Kuprionis (1857–1928) ir Marijona Petronytė-Kuprionienė (1859–1927) iš Puodžių – žemdirbiai ūkininkai, turėjo 15 hektarų žemės. Užaugo keturių vaikų šeimoje su broliu ir dviem seserimis, buvo jauniausias. Brolis Antanas Kuprionis (1889–1966), seserys Teklė Kuprionytė-Bagdonienė (1890–1942) – žemdirbė ir Marijona Kuprionytė-? (1892–?) – emigrantė JAV. Brolis Juozapas Kuprionis (1895–1895) ir sesuo Veronika Kuprionytė (1897–1897) mirė kūdikystėje. Sūnėnas (sesers Teklės sūnus) Jonas Bagdonas (1931–2021) – pedagogas ir visuomenininkas.

1901 m. rugpjūčio 5 d. Anykščių bažnyčioje jį pakrikštijo vikaras Juozapas Bublys, krikštatėviai buvo Anicetas Petronis  ir Marijona Beinoriūtė.

1915–1917 m. Vilniuje baigė gimnazijos pradžios mokyklą, 1917–1919 m. mokėsi Vilniaus 1-ojoje vyrų gimnazijoje, 1919–1924 m. tęsė ir baigė mokslą Panevėžio gimnazijoje. 1924–1928 m. studijavo Dotnuvos (Kėdainių r.) žemės ūkio akademijoje, apsigynė diplominį darbą "Lietuvos miškams želdyti sėklų gaminimo planai" ir įgijo miškininko išsilavinimą. Studijuodamas 1926–1928 m. jis dirbo Žemės ūkio akademijoje bibliotekos vedėjo pavaduotoju, buvo I eilės knygininkas.

Mokydamasis Vilniuje, J. Kuprionis susipažino su skautybe ir nuo to laiko buvo aktyvus skautas ir vienas iš skautų judėjimo pradininkų Lietuvoje. 1920 m. rugsėjį Panevėžyje jis buvo vienas iš pirmosios skautų Kęstučio draugovės organizatorių, 1921–1922 m. – jos draugovininko adjutantas, 1922–1923 m. – draugovininkas. Nuo 1922 m. jis buvo paskautininkis, nuo 1923 m. – skautininkas, nuo 1924 m. – vyresnysis skautininkas. Jis buvo pirmasis ir jauniausias iš Lietuvos skautų, kuriam buvo suteiktas toks laipsnis. 1923 m. Panevėžyje susibūrus skautų tuntui, J. Kuprionis 1923–1924 m. buvo pirmasis jo tuntininkas. 1924 m. birželio 3–5 d. Kaune jis buvo pirmojo Lietuvos skautų vadų ir skaučių vadovių suvažiavimo delegatas, prezidiumo sekretorius.

Studijuodamas žemės ūkio akademijoje, 1924 m. rugsėjį ten jis organizavo studentų skautų būrelį, paskui 1925–1928 m. vadovavo Kėdainių skautų tuntui, o nuo 1929 m. sausio iki 1930 m. spalio buvo Kauno skautų tuntininkas, sudarė tunto štabą ir taip itin pagyvino skautų veiklą. Jis vadovavo Lietuvos skautų delegacijoms pasauliniuose sąskrydžiuose Danijoje (1924 m.) ir Anglijoje (1929 m.). Žemės ūkio akademijoje jis taip pat ėjo Studentų ekonominės draugijos pirmininko pareigas, buvo studentų bei seniūnų tarybos pirmininkas.

1930 m. balandžio 25–27 d. Kaune vykusiame Lietuvos skautų brolijos vadų-vadovių suvažiavime J. Kuprionis buvo išrinktas vyriausiuoju skautininku ir šias pareigas ėjo iki 1930 m. spalio, kol brolija buvo pertvarkyta į Lietuvos skautų sąjungą. Jis sudarė Vyriausiojo skautininko štabą, rengė skautų moralinio ugdymo programą. Protestuodamas prieš Respublikos prezidento Antano Smetonos skautų struktūrų pertvarkymus, iš aktyvios skautų veiklos jis pasitraukė.

1928–1931 m. J. Kuprionis dirbo Miškų departamente Kaune girininkų specialistu, organizavo medžių sodinimo šventes, matininkų kursuose dėstė miškininkystę.

J. Kuprionis buvo Lietuvos miškininkų sąjungos, įsteigtos 1929 m., vienas iš organizatorių ir jos pirmininkas (1930–1934 m.), valdybos narys (1929–1940 m.). Jis įsteigė, 1929–1940 m. leido ir redagavo Lietuvos miškininkų žurnalą "Mūsų girios". Jis taip pat bendradarbiavo "Lietuvos aide", "Ryte", "Ūkininke", "Ūkininko patarėjuje", buvo Lietuviškosios enciklopedijos miškų skyriaus redaktorius, skaitė paskaitas apie miškininkystę per Lietuvos radiją. Jis dalyvavo ir Lietuvos šaulių sąjungos veikloje.

1931–1934 m. jis buvo Panemunės (Kauno r.) miškų urėdo pavaduotojas. Panemunės pušyne jis įsteigė parką, apsodino alėjas, pavadindamas jas Lakštingalų, Gegučių, Briedžių ir kitais vardais.

1934–1936 m. J. Kuprionis dirbo Dzūkų miškų urėdu Alytuje. 1936–1939 m. jis buvo Miškų departamento miškų ūkio skyriaus referentas, organizavo Lietuvos miškų atželdinimą, medelynų steigimą, miškų tyrinėjimą.

Nuo 1940 m. sausio J. Kuprionis dirbo Dotnuvos žemės ūkio akademijos Miškininkystės skyriuje, ėjo docento pareigas, dėstė miškų želdymą. 1941 m. šiam skyriui persikėlus į Vilnių ir įsijungus į Vilniaus universitetą, 1941–1943 m. J. Kuprionis buvo Vilniaus universiteto Gamtos-matematikos fakulteto miškininkystės skyriaus docentas, paskui ir Specialiosios miškininkystės katedros vedėjas, dėstė miškų želdymą, nuo 1941 m. balandžio buvo žemės ūkio mokslų kandidatas. Jis taip pat vadovavo mokomajam medelynui ir medžių sėklų tyrimo institutui. J. Kuprionis įvedė į Lietuvos miškus naujas veisles, dėstė Vilniaus vidurinėje miškų mokykloje. 1941 m. birželį jis trumpai vadovavo ir Miškų ūkio komisariatui.

1943–1944 m. J. Kuprionis kiek laiko slapstėsi nuo vokiečių persekiojimo, buvo grįžęs į tėviškę ir nuo 1943 m. rugsėjo dirbo Utenos miškų urėdijos miškų urėdu Anykščiuose, rengė projektą Anykščių šilelį paversti Tautos parku. 1944 m. balandžio–rugpjūčio mėnesiais jis dirbo Kretingos kelio ruožo sandėlio vedėju.

1944 m. J. Kuprionis pasitraukė į Vakarus, dirbo valstybinėje miškų tarnyboje Grace (Austrija), vėliau Hanau lietuvių pabėgėlių stovykloje (Vokietija) dėstė specialiąją miškininkystę miškininkų kursuose. Nuo 1945 m. vasaros jis buvo organizacinės komisijos, suburtos Lietuvos Skautų Sąjungai atkurti, narys. 1946 m. vasario 1–2 d. Wiesbadene surengtame tuntininkų ir skautininkų suvažiavime jis buvo išrinktas Lietuvos Skautų Sąjungos laikinosios Pirmijos pirmininku, paruošė šios Sąjungos atkuriamąjį suvažiavimą, tačiau pats iš aktyvios skautiškos veiklos pasitraukė.

Nuo 1946 m. vasaros J. Kuprionis su šeima gyveno JAV, Čikagoje, kur dirbo fizinį darbą: skerdykloje, parkų sodininku. 1948–1950 m. jis gyveno Lansinge, studijavo Mičigano universitete ir kartu dirbo šio universiteto miško ir dekoratyvių medelynų sodininku, kol 1950 m. įgijo miškų mokslų magistro išsilavinimą. 1950–1952 m. J. Kuprionis dirbo Dalase (Teksaso valstija) medelyno vedėju, nenaudojamą Teksaso laukinių džiunglių plotą pavertė dekoratyvinių medelių medelynu.

1952–1970 m. jis buvo Luisianos politechnikos instituto Rustone profesorius, dėstė bendrąją ir praktinę miškininkystę bei miškų želdymą. Jis bendradarbiavo JAV Pietų regiono miškų tyrimo stotyse, vykdė geografinės medžių sėklų kilmės, superdaigų palyginamojo augimo vegetatyvinio dauginimo ir egzotinių veislių aklimatizacijos tyrimus.

Rustone J. Kuprionis įveisė dekoratyvinių ir egzotinių veislių medelyną bei vietinių ir egzotinių augalų parką – arboretumą (atidarytas 1967 m.), kuris tapo vienu egzotiškiausių Amerikoje, nes jame auga visų penkių žemynų augalai. Dabar jis pavadintas J. Kuprionio vardu.

J. Kuprionis pirmasis JAV miškininkystėje nuo 1954 m. pradėjo taikyti ir išpopuliarino miškų želdymą sėklomis – iki to laiko šioje šalyje miškai buvo sodinami vien tik daigais.

Jis buvo JAV miškininkų sąjungos, Luizianos miškininkų sąjungos narys, JAV Lietuvių bendruomenės narys, nuo 1970 m. – užsienio lietuvių žurnalistų sąjungos pirmininkas.

J. Kuprionis dalyvavo ir JAV veikusios Lietuvių miškininkų sąjungos veikloje, 1953–1968 m. redagavo jos leidžiamą miškininkų žurnalą "Girios aidas", buvo Lietuvių enciklopedijos bendradarbis, rašė straipsnius "Draugui", "Mūsų Vyčiui".

Nuo 1970 m. išėjęs į pensiją jis persikėlė į Kaliforniją, kur gyveno abi dukros ir sūnus. 1978 m. Vilniaus universiteto kvietimu jis lankėsi Lietuvoje.

Jis parengė ir išleido metodinius leidinius "Kaip sodinami ir auginami medeliai : Medelių sodinimas ir auginimas. Miestų, sodybų ir aikščių apsodinimas. Svarbesniųjų Lietuvos medžių aprašymas" (1931 m.), "Medžių sėklingumas 1937 metais : iš miškams tirti kom. miškams želdinti sekcijos darbų" (1938 m.).

J. Kuprionis buvo apdovanotas Lietuvos skautų Lelijos ordinu (1928 m.), skautų Geležinio Vilko ordinu (1972 m.).

Susituokė 1934 m. gruodžio 1 d. Kauno Prisikėlimo bažnyčioje, žmona Marijona Sragytė-Kuprionienė (1902–1988). Vaikai: Algimantas Kuprionis (1936–?), Danutė Marija Kuprionytė-Ankaitienė (g. 1939 m.) – medikė, Algimantas Jonas Kuprionis (g. 1944 m. sausio 30 d.) – inžinierius,  Dalia Janina Kuprionytė-Dūdienė (g. 1944 m. spalio 28 d.).

Mirė 1982 m. liepos 8 d. Van Nuyse (Los Andželas, Kalifornija, JAV).

Minint 90-ąsias J. Kuprionio metines, Anykščių šilelyje buvo pastatytas stogastulpis jo atminimui (autorius – tautodailininkas Aloyzas Urbšys, 1991 m.). Išlikęs jo gimtasis namas Kiaušuose 1991 m. paženklintas medine drožinėta atminimo lenta su įrašu: "Šiame name 1901.08.03. gimė miškininkas, "Mūsų girių" redaktorius, profesorius Jonas Kuprionis".

1991 m. įsteigtas Jono Kuprionio fondas jo atminimui saugoti ir populiarinti.