Tėvas – amatininkas, Svėdasų batsiuvys. Sesuo Žaneta Jakšytė-Kibickienė (g. 1946 m.) – prancūzų kalbos mokytoja, vertėja, verslininkė.

1945–1950 m. baigė penkių klasių Svėdasų pradinę mokyklą, 1950–1952 m. toliau mokėsi Duokiškio (Rokiškio r.) vidurinėje mokykloje, 1952–1954 m. – Kamajų (Rokiškio r.) vidurinėje mokykloje, 1954–1956 m. baigė Utenos 2-ąją vidurinę mokyklą (dabar – Utenos Rapolo Šaltenio pagrindinė mokykla). 1956–1957 m. mokėsi Utenos medicinos mokykloje, įgijo sanitaro specialybę.

1957–1961 m. studijavo Lietuvos konservatorijos Teatriniame fakultete, įgijo aktoriaus išsilavinimą. 1964–1969 m. neakivaizdžiai tęsė studijas Maskvos (Rusija) valstybiniame Anatolijaus Lunačarskio teatro meno institute (GITIS), kur studijavo teatrologiją.

1961–1965 m. F. Jakšys dirbo Šiaulių dramos teatre aktoriumi.

1965–1995 m. jis buvo naujai įkurto Vilniaus Jaunimo teatro aktorius ir režisierius. 1980–1984 m. jis dirbo ir Lietuvos konservatorijos Aktoriaus meistriškumo katedros dėstytoju.

1994–2011 m. F. Jakšys buvo Vilniaus senjorų teatro režisierius ir meno vadovas, vaidino ir kitų teatro trupių pastatymuose, rengė autorines programas.

Iš viso scenoje ir kitur jis sukūrė kelis šimtus vaidmenų. F. Jakšio vaidybai buvo būdingas humoras, grotesko atspalviai, akcentuotos detalės.

F. Jakšio vaidmenys, sukurti Šiaulių dramos teatre:

1961 m. – Pavlas M. Talalajevskio "Motinos širdis" (režisierius Kazys Tumkevičius), Vienas iš šešeto T. Gabės "Kareivis ir gyvatė" (režisierius Kazys Tumkevičius), Serioža M. Sagalovičiaus "Nakties serenada" (režisierius Stasys Paska).

1962 m. – Germanas Veros Panovos "Baltąsias naktis palydint" (režisierius Vladas Limantas), Uldas V. Vygantės "Palmės žaliuoja amžinai" (režisierius Vladas Limantas), Vitia Belkinas M. Smirnovos ir M. Kraindel "Keturi po vienu stogu" (režisierius Kazys Tumkevičius), Velosipedkinas Vladimiro Majakovskio "Pirtis" (režisierius Vladas Limantas), Lazarilis Diumanua ir Deneri "Don Sezanas de Bazanis" (režisierius Vladas Limantas), Ilja A. Ostrovskio "Bekraitė" (režisierius Mamertas Karklelis).

1963 m. – Arnas R. Mikalauskaitės "Sužadėtinė" (režisierius Vladas Limantas), Ivanas V. Rozovo "Prieš vakarienę" (režisierius Kazys Tumkevičius).

1964 m. – Liucijus I. Štoko "Velnių malūnas" (režisierius Aleksas Puzanauskas), Kiškelis Vinco Krėvės "Žentas" (režisierius Mamertas Karklelis).

1965 m. – Piemenukas Juozo Baltušio "Parduotos vasaros" inscenizacijoje (režisierius Mamertas Karklelis), Tomas J. Rusio "Visi viename laive" (režisierius Vladas Limantas).

Svarbiausi jo vaidmenys Valstybiniame jaunimo teatre:

1966 m. – Eskalas Williamo Shakespeare "Romeo ir Džiuljeta" (režisierė Aurelija Ragauskaitė).

1967 m. – Karolis Jeano Anouilh "Žana" ("Vyturys") (režisierius Igoris Ivanovas).

1968 m. – Drakonas Jevgenijaus Švarco "Drakonas" (režisierius Vytautas Čibiras), Didysis kmynas Violetos Palčinskaitės "Aš vejuos vasarą" (režisierė Aurelija Ragauskaitė).

1969 m. – Argantas Moljero "Skapeno klastos" (režisierius Vytautas Čibiras).

1971 m. – Feropontas Antono Čechovo "Trys seserys" (režisierius Gintautas Žilys), Sergejus Leonido Žuchovickio "Vieni, be angelų" (režisierė Dalia Tamulevičiūtė).

1972 m. – Algis Rolando Rastausko "Lenktynių aitvaras" (režisierius Gintautas Žilys).

1976 m. – Kaušyla Sauliaus Šaltenio "Škac, mirtie, visados škac" (režisierė Dalia Tamulevičiūtė).

1978 m. – Chulijas Lope de Vegos "Šokių mokytojas" (režisierė Nataša Ogaj), Navickas Sauliaus Šaltenio "Jasonas" (režisierė Dalia Tamulevičiūtė).

1981 m. – Kunigaikštis Vadimo Korostyliovo "Pirosmani, Pirosmani" (režisierius Eimuntas Nekrošius).

1983 m. – Abutalipas Čingizo Aitmatovo romano "Ilga kaip šimtmečiai diena" inscenizacijoje (režisierius Eimuntas Nekrošius).

1985 m. – Vasilijus Justino Marcinkevičiaus "Daukantas" (režisierė Dalia Tamulevičiūtė), Pūras Balio Sruogos "Pajūrio kurortas" (režisierė Aurelija Ragauskaitė).

1987 m. – Pulmonas Sauliaus Šaltenio "Duokiškis" (režisierius Algirdas Latėnas).

1989 m. – Promotorius Jeano Anouilh "Žana" ("Vyturys") (režisieriai Ferdinandas Jakšys ir Antanas Šurna).

1995 m. – Vaižgantas Kosto Ostrausko "Vaižgantas" (režisierė Irena Bučienė).

F. Jakšio vaidmenys kituose teatro pastatymuose: 

2001 m. – Dryža Mariaus Katiliškio "Paskendusi vasara" (Lietuvos nacionalinis dramos teatras).

2005 m. – Baronas Alytaus miesto teatro spektaklyje "Eina gyvenimas" pagal Vinco Mykolaičio-Putino romaną "Altorių šešėly" (režisierius Arvydas Kinderis).

2006 m. – Lizdeika pirmosios lietuviškos operos Miko Petrausko "Birutė" šimtmečiui skirtuose jubiliejiniuose spektakliuose.

Nuo 1957 m. F. Jakšys taip pat vaidino televizijos filmuose, nuo 1967 m. – kine.

Svarbiausi jo vaidmenys televizijoje: Vivjanis pirmajame Lietuvos televizijos spektaklyje "O vis dėlto ji sukasi" (režisierius Vitalis Gruodis, 1957 m.), Samodukas spektaklyje A. Vienuolio "Prieblandoje", Akiniuotis spektaklyje "Tėvų jaunystėje", epizodinis vaidmuo televizijos filme "Tadas Blinda" (režisierius Balys Bratkauskas, 1973 m.), Amerikonas spektaklyje A. Vienuolio "Paskenduolė" (1974 m.), advokatas televizijos vaidybiniame filme "Dičiaus karjera" (režisierius Balys Bratkauskas, 1980 m.), inspektorius televizijos filme-spektaklyje pagal Agathos Christie detektyvą "Endhauzo paslaptis" (režisierius Balys Bratkauskas, 1981 m.).

F. Jakšys taip pat sukūrė vaidmenis televizijos serialuose: Ferdinandas – "Sveika, Irena", "Mudu abudu" (1984-1985 m.), Bočelis Dapkus – "Butkai ir Dapkai" (2002-2005 m.), "Lietuviškas tranzitas" (2003 m.), Vytautas-tėvas – "Širdys paklydėlės" (2010 m.), Vaitiekus – "Naisių vasara" (2011–2012 m.), motinos draugas Julius – "Motina ir sūnus" (2013 m.). 

Svarbiausi F. Jakšio vaidmenys kine:

1967 m. – vargonininkas Ramonas ("Suaugusių žmonių žaidimai" "Pirmasis žaidimas", režisierius Ilja Rudas-Gercovskis, LKS).

1971 m. – kunigas Šateikis ("Žaizdos žemės mūsų", režisierius Marijonas Giedrys, LKS).

1976 m. – kaminkrėtys "Seklio Kalio nuotykiai" (režisierius Arūnas Žebriūnas, LKS).

1978 m. – policininkas "Nebūsiu gangsteris, brangioji" (režisierius Algimantas Puipa, LKS).

1985 m. – epizodinis vaidmuo "Nebylys" pagal Juozą Tumą-Vaižgantą (režisierius Vidmantas Bačiulis, LTV).

2008 m. – senelis "Nepalikit, prašau..." (režisierius Robertas Šarknickas). 

2011 m. – tarnas "Tadas Blinda. Pradžia" (režisierius Donatas Ulvydas).

Jis vaidino jaunųjų kino kūrėjų trumpo metražo vaidybiniuose filmuose "Ostija" (režisierius Vytautas Chlebinskas, 2006 m.), "Krautuvėlė" (režisierius Antanas Gluskinas, 2006 m.), "Lernavan" (režisierius Maratas Sargsyanas, 2009 m.).

Vilniaus jaunimo teatre jis režisavo Jeano Anouilh dramą "Žana" ("Vyturys") (su Antanu Šurna, 1989 m.), Vilniaus senjorų teatre – Kosto Ostrausko kroniką-dramą "Balys iš Baibokų" apie Balį Sruogą (2004 m.), Kosto Ostrausko komediją "Šaltkalvis" (2007 m.).

Aktorius F. Jakšys buvo Lietuvos teatro sąjungos narys. Jis paskelbė straipsnių apie Lietuvos teatro istoriją, rašo straipsnius apie aktorius "Visuotinei lietuvių enciklopedijai" (leidžiama nuo 2001 m.).

Lietuvoje ir užsienyje jis buvo žinomas ir kaip savarankiškų kūrybinių programų autorius bei atlikėjas. F. Jakšys parengė ir vaidino monospektaklius "Tada aš laimingas", "Vaižgantas", rengė ir skaitė lietuvių autorių poezijos programas. Išleistos kompaktinės plokštelės "Pasakos apie princus ir princeses" (2005 m.) bei K. Ostrausko monodrama "Vaižgantas" (2009 m.) su F. Jakšio skaitomais tekstais.

F. Jakšys parengė monospektaklių ciklą "Gintaro paukštė" apie Lietuvos rašytojus Vaižgantą, A. Vienažindį, A. Strazdą, V. Kudirką, A. Vienuolį, A. Miškinį.

Jis sudarė ir išleido rinkinį "Indraja – saulės duktė" (2001 m.) apie žiniuonę Eugeniją Šimkūnaitę.

F. Jakšiui buvo suteiktas Lietuvos SSR nusipelniusio artisto garbės vardas (1987 m.). Jis apdovanotas Svėdasų seniūnijos Mažąja Vaižganto premija už kūrybinius nuopelnus Svėdasų kraštui (2012 m.), Kamajų (Rokiškio r.) seniūnijos ordinu "Už nuopelnus Kamajų respublikai" (2012 m.), Juozo Keliuočio literatūrine premija (2016 m.).

Už Vaižganto vaidmenį K. Ostrausko monospektaklyje "Vaižgantas" F. Jakšys laimėjo geriausio lietuvių dramaturgijos pastatymo konkursą (1995 m.).

Jo vadovaujamas Vilniaus senjorų teatras nugalėjo konkurso "Aukso paukštė" nominacijose "Geriausias mėgėjų teatras ir režisierius", "Geriausias 2002-ųjų metų mėgėjų meno kolektyvas" – už J. Petrulio spektaklį "Prieš srovę" (2003 m.).

2004–2007 m. F. Jakšys buvo Pasaulio anykštėnų bendrijos valdybos narys. Jis buvo Anykščių rajono Svėdasų Juozo Tumo-Vaižganto gimnazijos ir Utenos Rapolo Šaltenio pagrindinės mokyklos Garbės galerijų narys (nuo 2006 m.). Jam buvo suteiktas Anykščių rajono Garbės piliečio vardas (2018 m.).

Laisvalaikį praleisdavo gamtoje, mėgo keliones po Lietuvą.

Buvo vedęs, žmona Marija Rožė Jakšienė (g. 1939 m.) – gydytoja anesteziologė reanimatologė. Duktė Eglė Jakšytė-Ramanauskienė (g. 1965 m.) – teatro režisierė.

Išleistas jubiliejinis leidinys "Aktorius ir režisierius Ferdinandas Jakšys" (sudarė Vida Navikienė, 2012 m.). Išsami F. Jakšio biografija pateikta Romualdo Vytauto Rimšos sudarytame rinkinyje "Svėdasai : praeitis ir dabartis : teminis straipsnių rinkinys. T. 1" (2012 m.).

Mirė 2022 m. rugsėjo 15 d. Vilniuje. Palaidotas Vyžuonų (Utenos r.) kapinėse (4 kvartalas, 30 kapas) šeimos kape prie tėvų. Kapą ženklina pilko akmens ir metalinės saulutės skulptūrinė kompozicija su šlifuotame juodo akmens fragmente iškaltu įrašu: "Aktorius / Pranas Ferdinandas / Jakšys / 1937–2022".

Žurnalistas Vytautas Bagdonas parengė ir išleido prisiminimų albumą "Mūsų Ferdinandas. Tokį jį prisimename..." (2023 m.).