Gimimo data nustatyta pagal Debeikių parapijos krikšto metrikų įrašą. Kitur minima kaip gimusi 1913 m. lapkričio 1 d.

Tėvai: Jonas Šakėnas (1873 – apie 1930) iš Kalvelių ir Ona Vaičiūnaitė-Šakėnienė (1879 – apie 1930) iš Bebarzdžių – žemdirbiai ūkininkai, turėjo 34 hektarus žemės. Augo devynių vaikų šeimoje su dviem broliais ir šešiomis seserimis. Broliai ir seserys: Rozalija Šakėnaitė-Guobienė (1899–?) – žemdirbė, Juozas Šakėnas (1900–1979) – kariškis, politinis kalinys, pedagogas, Teklė Šakėnaitė-Namajuškienė (1901–1965) – žemdirbė, 1948–1956 m. tremtinė Irkutsko srityje,  Veronika Šakėnaitė (1905–?), Vincas Šakėnas (1906–1972) – veterinaras, 1949–1958 m. tremtinys Irkutsko srityje, Zofija Šakėnaitė-Sedelskienė (1908–?) – žemdirbė, Antanas Šakėnas (1915–?), Otilija Šakėnaitė-Kviklienė (1919–2004) – medikė akušerė, Ona Šakėnaitė – žuvo jaunystėje, Bronė Šakėnaitė-Ežerskienė – emigrantė JAV. Sūnėnas (sesers Rozalijos sūnus) Aleksandras Guobys (1932–2019) – mokslininkas teatrologas.

1913 m. lapkričio 9 d. Debeikių bažnyčioje ją pakrikštijo klebonas Domininkas Mikšys, krikštatėviais buvo Petras Čepukonis ir jo žmona Domicelė Čepukonienė.

Baigė pradžios mokyklą. Jauna likusi našlaitė, 1930–1931 m. mokėsi Salų (Rokiškio r.) žemės ūkio mokykloje, paskui gyveno pas brolį Juozą Kaune ir lankė Kauno suaugusiųjų gimnaziją.

Paklausiusi prelato Juliaus Maciejausko patarimo, 1931 m. E. Šakėnaitė išvyko į Paryžių (Prancūzija), įstojo į Švenčiausiosios Širdies pranciškonių vienuolyną ir ten baigė noviciatą ir davė pirmuosius įžadus, nuo 1932 m. – sesuo Ksavera. 1935 m. ji davė amžinuosius įžadus, o 1935–1936 m. baigė ir gailestingųjų seserų mokyklą.

1936–1957 m. E. Šakėnaitė dirbo įvairiose Viduržemio jūros pakrančių ligoninėse Prancūzijoje, 1957–1962 m. buvo perkelta į Liono (Prancūzija), paskui – į Paryžiaus ligonines. Po Antrojo pasaulinio karo ji šelpė ir gydė vargšus Paryžiaus priemiesčiuose.

Nuo 1962 m. iki gyvenimo pabaigos E. Šakėnaitė gyveno ir dirbo kaip misionierė Pietų Amerikoje. Ji aktyviai dalyvavo kito lietuvio misionieriaus – gydytojo ir kunigo Aleksandro Bendoraičio (1919–1998) žygiuose ir sumanymuose, dirbo trijuose laivuose-ambulatorijose "Lithuania", su kuriais upėmis nuplaukė dešimtis tūkstančių kilometrų per Amazonės džiungles.

E. Šakėnaitė kartu su A. Bendoraičiu 1974 m. įrengė "Gerojo Ganytojo" ligoninę Guajara-Mirimo mieste Vakarų Brazilijoje, Bolivijos pasienyje. 1985 m. ji persikėlė į Boliviją kitame Mamorės upės krante, kur atidarė Motinos ir vaiko ligoninę Guajaramerine.

1990 m. ji pirmą kartą priėmė atvykusią į svečius delegaciją iš Lietuvos, o senatvėje, po A. Bendoraičio mirties 1998 m., ruošėsi grįžti į gimtinę.

E. Šakėnaitė mokėjo ispanų, prancūzų, portugalų ir anglų kalbas, taip pat vietinius Amazonės indėnų dialektus. Laisvalaikiu ji augino gėles.

Mirė 2000 m. gruodžio 3 d. Guajaramerine (Bolivija) – buvo rasta negyva sumušta galva. Palaidota Guajaramerino kapinėse vietinio gydytojo šeimos kape.

A. Baranausko ir A. Vienuolio-Žukausko memorialiniame muziejuje saugoma apie 300 autentiškų eksponatų, liudijančių E. Šakėnaitės gyvenimą ir veiklą. Juos surinko, atgabeno ir Muziejui 2000 m. birželio 15 d. perdavė Aleksandras Guobys.

Debeikių (Anykščių r.) bažnyčios šventoriuje 2001 m. lapkričio 16 d. buvo pastatytas akmeninis kryžius – atminimo paminklas E. Šakėnaitei (autorius – skulptorius Vladas Urbonavičius).

Apie E. Šakėnaitės ir kitų misionierių veiklą Pietų Amerikoje išleistos Aleksandro Guobio knygos "Lietuviai Amazonijos džiunglėse" (1991 m.) ir "Lietuvių misijos Amazonėje" (su Antanu Saulaičiu, 2002 m., kitas leidimas – 2015 m.).