Kaimas Debeikių seniūnijoje už 8 kilometrų į šiaurės rytus nuo Debeikių. Įsikūręs Šventosios upės kairiajame krante į pietus nuo upės, ribojasi su Šventupio, Žaliosios, Stasiškių, Varkujų, Butėnų ir Šaltinių kaimais. Vakariniu pakraščiu glaudžiasi prie Jononių miško.

Yra 14 sodybų – 34 gyventojai (2001 m.), 29 gyventojai (2011 m.). Priklauso Varkujų seniūnaitijai (nuo 2009 m.).

Jononių dvare XVIII a. pabaigoje dvarininkai Jaugeliai (Jawgiell) buvo pastatę medinę bažnyčią ir norėjo steigti parapiją. Tačiau gretimų dvarų savininkai parėmė parapijos kūrimo Debeikiuose sumanymą, todėl vyskupas nepaskyrė Jononių bažnyčiai kunigo. Pastatas ilgai stovėjo nenaudojamas, kol XIX a. viduryje paseno ir sugriuvo, o jos medžiagos paskui buvo panaudotos Vyžuonų (Utenos r.) naujos klebonijos ir tvartų statybai.

Nuo XVIII a. iki XX a. pradžios Jononių dvaro savininkai buvo kelios Jaugelių šeimos kartos. Vėliau Mackevičius, vedęs Jaugelių dukrą, nusigyveno ir dvarą pardavė Vyžuonų parapijos klebonui Aleksandrui Melaikai. Vasaromis dvare buvo organizuojamos angelaičių, pavasarininkų stovyklos. Po Antrojo pasaulinio karo nacionalizuotas dvaras buvo nebetaisomas, nuolat ardomas, todėl sunyko.

Jononių kaimas įsikūręs greta Jononių dvaro. 1930 m. kaimas išskirstytas į vienkiemius, tuomet turėjo 206,41 ha žemės.

1949 m. kaime buvo sukurtas Juliaus Janonio kolūkis, pirmuoju jo pirmininku dirbo Julius Ivanauskas. 1950 m. sujungus gretimus Juliaus Janonio ir "Raudonosios žvaigždės" kolūkius, 1950–1953 m. kaimas priklausė kolūkiui "Didysis persilaužimas". 1953 m. sujungus gretimus "Didžiojo persilaužimo" ir "Naujo kelio" kolūkius, 1953–1957 m. kaimas priklausė Georgijaus Malenkovo kolūkiui, 1957 m. pakeitus jo pavadinimą, 1957–1978 m. – "Žalgirio" kolūkiui. 1978 m. kovo 14 d. sujungus "Žalgirio" ir "Už taiką" kolūkius, 1978–1991 m. kaimas priklausė "Už taiką" kolūkiui, kol 1991 m. ūkis iširo.

Priklauso Vyžuonų (Utenos r.) parapijai. Kaimo kapinės aptvertos metaline tvora su betoniniais stulpeliais, prižiūrimos ir veikiančios, jose laidojama. Kapinių centre stovi betoninis kryžius su įrašu "Janonių visuomenės 1938" bei 1989 m. statytas kaimo bendruomenės medinis kryžius, kapinėse išlikę XIX a. pabaigos kapai ir pavieniai paminklai, tarp jų – ir Jaugelių giminės kapavietė.

Jononių miške yra žydų genocido vieta, pastatytas paminklas sušaudytiems Vyžuonų miestelio žydams. Jononių kaimo centre, prie kryžkelės, Lietuvos Atgimimo metais pastatytas medinis drožinėtas kaimo kryžius.

Išlikęs buvusio Jononių dvaro svirnas, šulinys, dalis parko medžių: liepos, drebulės, alyvos.

Jononyse 1925 m. gimė agronomas ir žemės ūkio organizatorius Jonas Stasiukonis, 1931 m. – inžinierius kelininkas Vaclovas Vytautas Šeštokas, 1950 m. –  mokslininkas inžinierius ekonomistas energetikas Vidmantas Jankauskas, 1955 m. – agronomas ir savivaldos organizatorius Antanas Jankauskas bei inžinierius statybininkas ir kelininkas Dalius Stasiukonis.